根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类有。
(一)外瘘和内瘘
外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2～3厘米，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无外口，临床所见90%为外瘘。
(二)低位瘘和高位瘘
瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。
(三)单纯性肛瘘和复杂性肛瘘
前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：
①括约肌间型——最常见一种，内口位于齿线，瘘管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤;
②经括约肌型——瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出;
③括约肌上型——不常见。瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出;
④括约肌外型——少见，内口在齿线上直肠壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下。