肛瘘是发生于肛门附近及直肠下部的瘘管。肛瘘一般由内口、外口和瘘管三部分组成。内口多数在肛管齿线附近的肛窦内;外口在肛门周围皮肤上，有时不止一个;瘘管壁是由纤维结缔组织构成。
肛瘘的病理表现有外口、瘘管、支管、内口组成。
①外口：是肛门周围脓肿破溃或切开的口，在肛门周围的皮肤上，多数距肌门约2～3cm。其距肛门远近不定，数目不一，可凹陷，也可突起;可伴有肉芽组织，红紫色，潜行性边缘，形状整齐，且外口较大者多为结核性瘘管。
②瘘管：连接内口与外口的管道，形状各异，可有一个，也可有多个分支。
③支管：主瘘管引流不畅，或反复感染，均可发生很多支管。探清支管对手术效果极为重要。
④内口：是肛门感染形成肛门周围脓肿的入口，多数在肛窦附近，80%在肛管后正中线两侧的肛窦发生。由坐骨直肠窝和肛门部来的血管，在肛管后方正中线两侧进入直肠，感染常沿血管周围蔓延，因此，内口多在肛管后部中线两侧。