肛瘘形成初期是以脓肿、炎症为主，炎症消退，瘘道逐渐形成，局部症状逐渐减轻。但复杂性肛瘘或有急性感染时，局部有明显的炎症反应，并伴有全身症状。
第一步：肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若感染未能及时治疗，炎症即可向肛门周围蔓延。
第二步：炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
第三步：由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，时间久了就会成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，而形成肛门直肠周围脓肿。若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散治愈，不遗留后遗症;如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。
第四步：肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，反复感染，反复发作，经久不能自愈，而成为瘘管。
肛瘘是怎么形成的?排便不畅复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠四周形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。
肛瘘是怎么形成的?全身症状在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
临床所见肛瘘的特点有
①脓液淋漓不断：反复感染，炎症经常刺激，脓水不断从外口流出、污染内裤。
②不能自然愈合：由于肛门括约肌的收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液排出而难愈合;瘘管弯曲、引流不畅;脓腔缩小、腔壁有结缔组织增生而坚硬也很难粘连愈合。