肛痿的原因多为一般性化脓感染，少数为结核性，克罗恩病、溃疡性结肠炎、恶性肿瘤、肛管外伤等也可形成肛瘘。大多数肛痿起自肛管直肠周围脓肿，当脓肿自行破溃或切开引流处成为外口;脓肿缩小，形成感染性管道，其原发病灶成为感染源不断进入管道内口，因此经久不愈。外口皮肤生长较快，常常假性愈合，以致又破溃，反复发作。
脓肿
肛管直肠周围脓肿有2大类：一类与肛腺及肛瘘有关，称为原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿，简称瘘管性脓肿，较多见;一类与肛腺及肛瘘无关，称为急性非肛腺性非瘘管性脓肿，简称非瘘管性脓肿较少见;肛瘘大多由前者发展而来。肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核，克罗恩病，溃疡性结肠炎。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
性激素
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因，在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男性较女性增生明显，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高，而女性肛腺导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低，人到老年，与其他皮脂腺普遍萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。
病原菌
肛瘘有原发性内口，瘘管，支管和继发性外口，内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位，瘘管有直有弯，少数有分支，外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤，由于病原菌不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内，外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。
直肠下端和肛管有一些特殊的解剖结构，如直肠柱、肛瓣和隐窝等，在排便时经常受到粪块的摩擦,发生损伤的机会很大。隐窝内有肛腺的开口,隐窝呈袋状，易积存粪便，肛腺分泌的粘液也容易引流不畅。直肠和肛管内平时有大量细菌存在。直肠下端和肛管周围有许多潜在的解剖间隙，充满脂肪和疏松结缔组织。上述这些特点都是为感染创立了极为有利的条件,所以感染多来自肛管内。肛门旁皮肤富于毛囊和皮脂腺,皮下脂肪也较厚，加以局部不清洁，内裤摩擦或便后用硬纸揩拭都容易造成表皮损伤，易发生与一般的皮肤感染相似的肛周皮下感染,不过这种感染比较浅在,通常不会形成肛瘘。