和其他种类的腹泻一样，宝宝得了秋季腹泻后，不能吃成人用的止泻药，这对宝宝来说非常危险。另外由于秋季腹泻是轮状病毒感染，服用抗生素不但没有效果，而且还会扰乱肠道正常菌群的生长。
1、饮食疗法
轻症减少奶量，代以米汤、糖盐水等;重症应禁食8～24小时，并静脉补液。秋季腹泻通常的治疗方法主要是调整饮食，只要没有剧烈的呕吐，宝宝大多不用禁食。对于已经添加辅食的宝宝，可暂缓增加新的食物，原来吃过的还可以继续喂。腹泻期间宝宝容易出现继发性乳糖不耐受，使腹泻时间延长，必要时需要暂时更换不含乳糖的婴儿配方奶粉，腹泻好转后可以再恢复正常的配方奶和母乳喂养。对剧烈呕吐的宝宝需要禁食4～6小时后开始逐渐增加喂食。
2、液体疗法
(1)口服法
适用于轻度脱水或呕吐不重者。补液量按每公斤体重100毫升/日计算，分数次服用。
(2)静脉补液法
用于中度、重度脱水。
预防脱水也是秋季腹泻和其他各种腹泻很重要的治疗环节，要按少量多次的原则给宝宝增加饮水(主要是白开水)。当宝宝因为腹泻次数多，出现脱水症状，或已经被诊断为轻、中度脱水时，一般要给他用口服补液盐，对于中度以上脱水或吐泻严重的则需输液。这些措施可以及时纠正脱水、电解质及酸碱平衡紊乱。
3、控制感染
针对病因，选用抗菌药物。
4、对症治疗
腹泻可口服1次碳酸铋或轻酸蛋白0.3克，一日3次;助消化可口服胃蛋白酶合剂每岁l毫 升欣，一日3次，或多酶片一次l片，一日3次。依病情对症处理。
秋季腹泻治疗方法还包括使用肠粘膜保护剂和微生态制剂。肠粘膜保护剂(如蒙脱石粉)能吸附病原，固定毒素，然后随大便排出体外。同时，这种保护剂还能加强胃肠粘膜屏障功能，促进肠粘膜的修复。不过，如果你给宝宝服用，一定要严格按照产品说明，不要过量，否则容易导致便秘。如果宝宝还要同时服用其他药物，则需要间隔一段时间后再服用。当你有任何不确定的地方，一定要向医生咨询。
秋季腹泻的传染性极高，很容易通过日常人与人的接触传播。目前还没有特别行之有效的预防方法。由于注意个人及环境卫生，并不能非常有效地预防秋季腹泻，所以，除了让宝宝不要接触其他生病的孩子，养成良好的卫生习惯外，最好能给他及时接种轮状病毒疫苗(或称“口服轮状病毒活疫苗”)。