生殖器结核结核杆菌是一类细长的杆菌，有分枝生长趋势，属分枝杆菌属，延长染色时间才能着色，一旦着色后可抵抗盐酸酒精的脱色作用，故又称抗酸性杆菌。本菌属种类颇多，对人类有致病力的一般为人型及牛型两种，前者首先感染肺部，后者则着先感染消化道，然后再分别经过各种途径传播到其他器官，包括生殖器官。近年来许多国家重视不典型分枝杆菌对人类的感染，其中有引起人类结核样病变的类结核杆菌。
生殖器结核将在结核病灶中的结核菌群，分为4类：A群：生长活跃的结核菌，在早期活跃病灶中大量存在于细胞外;B群：随着病情进展，生长于酸性环境中的巨噬细胞内，量较少;C群：在中性干酪病灶中，繁殖缓慢或间歇繁殖，量少;D群：呈休眠状，完全不繁殖。