口咽内部容易受到细菌的侵袭而发炎，这些病菌可能隐藏于扁桃体隐窝内，也可能是外界侵入的。正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整和粘液腺不断分泌，可将细菌随同脱落的上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。
当机体因寒冷，烟酒过度，潮湿，过度劳累等原因造成抵抗力下降，细菌繁殖加强，扁桃体上皮防御机能减弱，腺体分泌机能降低时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎。
临床上分为急性和慢性两种，扁桃体炎的致病原以溶血性链球菌为主，其他如葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌以及病毒等也可引起。
抵抗力下降
当人的抵抗力下降，如过度疲劳、缺乏锻炼、营养不良之时，扁桃体的防御能力就会减弱，各种细菌病毒就会引入扁桃体，导致扁桃体发炎。
其它疾病导致病菌侵入扁桃体
当其它疾病导致病菌侵入扁桃体时，会发生炎症，如流行性感冒、急性鼻咽炎。扁桃体发炎会出现红肿、疼痛、化脓。轻者低热、咳嗽，喉部不适;重者高烧不退、呼吸急促，甚至高热惊厥，需要及时治疗。