肾囊肿是一种发病率比较高的疾病，通常无症状表现，很多患者都是在检查中才得知患上了此病，一部分患者会感到腰痛等。
1、先天的发育不良
由先天发育不良可产生多种疾病，对于囊肿性肾病而言，主要可造成髓质海绵肾、发育不良性多囊肾病等，先天发育异常的基因一般没有异常，因此它与基因遗传或基因突变是有区别的。
2、基因突变(非遗传)
对于多囊肾病来说，大多是通过父母基因遗传的，分为常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传，但也有的多囊肾患者既非父母遗传，也不属于先天发育不良性多囊肾病，而是胚胎形成时的基因突变。在胚胎形成过程中，由于各种因素的作用，使基因发生了突变形成了多囊肾病，此种情况虽然很少见，但还是可以发生的，因此，有些多囊肾患者可以没有父母遗传史。
3、情绪因素
大家应该了解情绪的变化对身体健康具有很大的影响，而不良的情绪很容易导致人体的内分泌出现异常状况，从而通过神经体液作用改变人体的内环境。内环境的异常则又对囊肿造成了影响。而且不良的情绪还可使人的免疫力降低，从而有利于病菌和病毒的侵袭，从而又使囊肿受到影响。
4、饮食
可能大家都不知道，不良的饮食习惯可能造成很多疾病的产生，当然也是囊肿病产生、发展变化的重要因素。其中主要有：
(1)、饮食不节，如过饥则营养不足;过饱则易伤及脾胃的消化、吸收功能并且发生气血流通障碍;过食肥甘厚味则易化生内热。
(2)、饮食不洁，轻者易致肠胃疾病，重者发生中毒甚至危及生命。
(3)、饮食偏嗜，如多食生冷寒凉，则易伤脾胃阳气，多食辛温燥热则可使胃肠积热，再有五味偏嗜，久则易伤内脏。
5、妊娠
一般情况下，妊娠对多囊肾的病程影响主要看肾功能状况，虽然目前尚没有资料证实妊娠会使多囊肾病程加速，但多次妊娠且合并有高血压者其预后常不良，且有14的多囊肾女性在妊娠中新发高血压或原有高血压加重，所以多次妊娠则对多囊肾女性的预后产生不利影响。当然这里说的还是肾功能尚正常者，如肾功能不正常的多囊肾女性妊娠危险性更大。
6、各种感染
从而发生有利于囊肿基因发生变化的环境条件， 感染可使机体内环境发生异常变化。使囊肿的内部因素活性这样便可促进囊肿的生成、长大肾脏从而影响囊肿，如则除了使临床症状加剧外，囊肿发生感染。还会促使囊肿进一步加快生长速度，并使肾病损害加重等。
罕见的即不管是细感染有上呼吸道感染(包括感冒)尿路感染、肠胃道感染、皮肤感染、外伤感染、器械感染等等。均可对囊肿发生很大影响。菌感染还是病毒感染。