据调查显示，肾囊肿发病率可随便年龄增长而增高，50岁以上的人做B超，有50%可以发现这种囊肿。目前肾囊肿的治疗方法有很多，其治疗效果也不一样。对于肾囊肿患者来说，选择正确的方法进行治疗是非常重要的。只有选对了方法，才能进行更好的治疗。
一、特殊治疗
1、肾囊肿的治疗非常重要，当排泄性尿路造影肾断层X线摄影术，超声影象及CT仍未能做出最一诊断，可选择作血管造影而经皮囊肿穿刺抽吸则作为下一步诊断手段，这既可在X线荧光屏监视下也可在超声影象监测下进行。发现清亮的囊液是令人鼓舞的征象但抽吸液仍应做细胞学检查。
2、肾囊肿的危害非常大，应及早发现，及早诊断，及早治疗。但是当诊断仍有疑问时可考虑手术探查。
3、在肾囊肿的诊断过程中，如明确诊断可考虑保留囊肿，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。
二、并发症的治疗
肾囊肿的发病多是由于受到不良因素的感染而导致的。当囊肿并发感染时应加强抗菌素治疗，尽管Muther和Bennett1980年发现囊液中抗菌素所能达到的浓度很低。因而常常需行经此穿刺引流经此穿刺引流失败的话，采取手术切除囊肿壁的肾外部分并引流，也被证明疗效颇佳发生肾积水时，切除引起梗阻的囊肿壁可以解除输尿管梗阻。
三、小的肾囊肿治疗
对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至1年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因，所以不在十分必要时，不要进行尿路创伤性检查。
四、手术切除囊肿
肾囊肿穿刺作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经观察也不能延缓肾功能损坏的发生。肾囊肿手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。如果是双侧多囊肾，则需要移植一个健康肾脏，再切掉两个多囊肾。医学发展至今，这可能是治疗严重多囊肾的最好方法。