HCM病程中可能会有并发症发生，主要包括
A 心律失常
这是常见的并发症，其中心房颤动最为常见。房颤会使患者的症状加剧，同时增加了发生血栓形成导致栓塞的风险。舒张功能降低导致的左房径增大是房颤发生的独立相关因素。
B 心内膜炎发生率比较低
是由于血液中的细菌黏附在心脏内血流紊乱处，如主动脉瓣、二尖瓣等。
C 心脏传导阻滞
可发生在窦房结和/或房室结，经常遇见到，也是影响药物治疗的因素。
D 猝死
少数HCM患者会发生猝死，其前可能没有任何征兆。HCM是青少年发生猝死的最常见原因。室性心律失常，包括室速、室颤是发生猝死的主要原因。