肠结核好发于回盲部，依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠及乙状结肠等处，偶有位于直肠者。胃结核亦有报导，但极少见。
结核菌侵入肠道后，其病理变化随人体对结核杆菌的免疫力与过敏反应的情况而定。
当感染菌量多，毒力大，机体过敏反应强时，病变往往以渗出为主。并可有干酪样坏死并形成溃疡，称为溃疡型肠结核;若感染较轻，机体免疫力(主要是细胞免疫)较强时，病变常为增生型，以肉芽组织增生为主，形成结核结节并进一步纤维化，称为增生型肠结核。
实际上兼有溃疡与增生两种病变者，并不少见，此称为混合型或溃疡增生型肠结核。
一、溃疡型肠结核
结核杆菌侵入肠壁后，首先肠壁集合淋巴组织有充血、水肿及渗出等病变，进一步发生干酪样坏死，随后形成溃疡并向周围扩展，溃疡边缘可不规则，深浅不一，有时可深达肌层或浆膜层，甚至累及周围腹膜或邻近肠系膜淋巴结。
溃疡型肠结核常与肠外组织粘连，因此肠穿孔发生率低。
肠结核的溃疡可随肠壁淋巴管扩展，多呈环状。在修复过程中，因有大量纤维组织增生和瘢痕形成，易导致肠腔环形狭窄。此外，溃疡部位的血管有闭塞性内膜炎，所以溃疡型肠结核很少引起大出血。
二、增生型肠结核
常见于盲肠和升结肠。初期局部水肿、淋巴管扩张。
慢性期有大量结核性肉芽组织和纤维组织增生，主要在粘膜下层，呈大小不等的结节，严重者呈瘤样肿块突入肠腔并形成肠狭窄，甚则引肠梗阻。病变的肠段变窄增厚，或与周围组织粘连，形成肿块。回肠往往因盲肠慢性梗阻而扩大。