肠结核是结核杆菌侵犯肠道引起的慢性特异性感染， 约90%由人型结核杆菌引起。罹患年龄大多为20～40岁，女性略多于男性。
结核杆菌侵犯肠道主要是从口感染。患者多有开放性肺结核或喉结核，因经常吞下含结核杆菌的痰液，而引起本病;或经常与开放性肺结核病人共餐，忽视餐具消毒隔离，也可致病;若饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品，也可发生牛型结核杆菌感染。
此外，肠结核也可由血行播散引起，见于粟粒型结核，或由盆腔结核或结核性腹膜炎等直接蔓延而来。
结核病的发生与否，取决于人体和结核杆菌相互作用的结果。经上述途径而被感染仅是致病的条件，只有当入侵的结核杆菌数量较多、毒力较大，并有机体免疫功能异常或局部抵抗力削弱时，才能发病。
肠结核的好发部位为回盲部，其他部位依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和乙状结肠等处，少数见于直肠，偶有胃结核的报道。