这种先天性畸形主要是在怀孕第4周到第10周期间，由于某些致病因素导致胎儿面部发育障碍所致。
目前医学认为可能的致病因素有
①遗传因素
部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。
②感染和损伤
怀孕初期(2个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。
③怀孕期间患有如贫血
母体怀孕期间患有如贫血、糖尿病、严重营养障碍等慢性疾病。
④服用某些药物
怀孕期间服用某些药物：如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。
⑤X线照射
怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。
⑥营养缺乏
营养因素在实验动物研究中发现小鼠缺乏维生素A、维生素B及泛酸、叶酸等食物成分时，可以产生包括F裂在内的各种崎形，而人类是否也会因缺乏此类物质而导致先天性唇腭裂畸形的发生还不十分明确。但有人曾调查生过唇腭裂患儿的母亲，有的在怀孕早期因妊娠性呕吐或偏食而有明显的钙、磷、铁及维生素B、维生素C、维生素D等缺乏的情况。所以妊娠早期的营养缺乏可能是发病诱因之一。
⑦大量的化学物质
药物和化学因素当今人类应用大量的化学物质，如药物、食物添加剂、调味品、化妆品等;还有人类生活环境中如大气层和水中日益严重的工业污染，均有可能影响人类的生活环境，损害人类的健康，更严重的可诱发人类胚胎发育畸形。目前认为，与先天性唇腭裂畸形发生有关的药物包括六大类:激素类、抗痉挛药、烷化剂、抗生素类、维生素类和镇静剂。
⑧病毒感染
感染和损伤因素母体在妊娠初期催患病毒感染，可能影响胚胎的发育而发生唇腭裂或面裂畸形。已有研究表明，风疹病毒可明显地导致唇腭裂崎形。另外，母体在妊娠初期如遭受某种损伤，特别是能够引起子宫及其附近部位的损伤者，都能影响胚胎的发育而成为唇腭裂发生的可能诱因。