1)遗传因素：唇腭裂是一种多基因遗传病，正常发病率为0.10%～0.17%，但父亲患有唇裂，后代患病率为3%左右，如果母亲患有唇裂，则遗传给子女的几率高达14%。
(2)营养缺乏：妇女怀孕期间的呕吐、厌食和偏食可影响营养摄入，造成维生素(如维生素A、E、B2、B6、C、D)、叶酸以及钙、磷、铁等矿物质缺乏。深圳市儿童医院口腔科丁桂聪
(3)病毒感染：在孕妇妊娠早期(2个月内)，如患病毒性感冒或受风疹等病毒感染，可能成为婴儿唇裂的原因。
(4)药物因素：目前已明确导致唇、腭裂畸形的药物有肾上腺皮质激素、抗癫痫药、抗恶性肿瘤药物、抗过敏药物等。
(5)内分泌失调：在怀孕早期(8周内)，如孕妇情绪紧张，或因生理性、精神性等原因，使体内的肾上腺皮质激素分泌增加，从而导致胚胎发生畸形。
(6)放射线：妊娠早期如果接触放射线，则有可能使胚胎细胞发生突变导致胎儿唇腭裂。
(7)吸烟、酗酒：孕妇吸烟、酗酒也可导致婴儿唇腭裂。
(8)父母年龄因素：唇腭裂的发生率与父母的生育年龄具有一定的相关性，生育年龄在35岁以上者唇腭裂发生风险性就越高。