这种先天性畸形主要是在怀孕第4周到第10周期间，由于某些致病因素导致胎儿面部发育障碍所致。目前医学认为可能的致病因素有。
①遗传因素
部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。
②感染和损伤
怀孕初期(2怀孕期间患有如贫血个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。
③怀孕期间患有如贫血
母体怀孕期间患有如贫血、糠尿病、严重营养障碍等慢性疾病。
④服用某些药物
怀孕期间服用某些药物：如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。
⑤X线照射
怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。
因此，唇腭裂的预防关键在于怀孕早期。