下丘脑性闭经是最常见的一类闭经。由于丘脑下功能失调而影响垂体，进而影响卵巢而引起闭经。
其病因复杂，可分为以下几种
(1)精神应激
临床多见于既往月经规律，在突然或长期精神压抑、紧张、忧虑、环境改变后出现闭经。
(2)体重下降和神经性厌食
临床表现为极度厌食，严重消瘦和闭经，皮肤干燥。个性孤僻、少言寡语、极不易合作。多见于内在情感剧烈矛盾或为保持体型强迫节食的女性。多数轻型患者处理得当均能恢复月经。如严重缺乏营养，需肠外补充营养，预防死亡。
(3)运动性闭经
多见于长期剧烈运动者或芭蕾舞、现代舞训练者，表现为月经稀发及继发性闭经。运动性闭经不一定发生体重减轻，当运动量减少，月经可恢复。
(4)药物性闭经
在长期服用某些药物后，引起继发性闭经。常见的药物有奋乃静、氯内嗪、利血平、棉酚片、雷公藤等。年轻患者生殖功能旺盛，停药后3-5个月可恢复月经，年龄40岁以上，接近绝经过渡期时，停药后不易恢复月经。
(5)颅咽管瘤
瘤体增大压迫下丘脑和垂体柄引起闭经，临床表现为继发性闭经、生殖器萎缩、肥胖、颅内压增高、视力障碍等症状。