1.抗生素治疗
发病早期即卡他期应用抗生素治疗，效果较好，痉咳期疗效欠佳，但可以缩短排菌时间，首选红霉素30～50mg/(kg·d)，用药7～14天。其次可选用氯霉素30～50mg/(kg·d)，此外还可选用氨苄西林，庆大霉素静脉滴注或肌内注射。磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲噁唑)亦有效。近来新一代大环内酯类抗生素如罗红霉素、阿奇霉素也有明显疗效。抗菌治疗疗程为2周。
2.肾上腺皮激素
能减轻症状和缩短病程，但要注意该药的副作用。6～9月龄以内婴儿可选用倍他米松(betamethasone)0.075mg/(kg·d)，或氢化可的松30mg/(kg·d)，肌内注射，2天后逐渐减量，用药7～8天停药。
3.注射百日咳免疫球蛋白
百日咳免疫球蛋白(P-IVIG) 2.5ml(400μg/ml)，肌内注射，1次/d，连用3～5天，适用于重症患儿，幼婴剂量减半。
按呼吸道传染病隔离，保持室内安静，空气新鲜和适当温度、湿度，避免嘈杂和刺激。为保持呼吸道通畅和利于分泌物的排出，婴幼儿痉咳时注意低头体位，拍背。痰多者要及时吸痰。为防止婴儿突然窒息，尤其在夜间易发生，应有专人守护。一旦发生窒息及时做人工呼吸、吸痰、给氧，必要时进行口对口呼吸。有呼吸暂停或抽搐的婴儿进气管插管和呼吸道持续正压给氧治疗，可以改善呼吸功能或减低缺氧状态，对抗存在的肺不张，减轻喉和支气管痉挛。沙丁胺醇(salbutamol)0.3mg/(kg·d)，分3次口服，能解除其痉挛症状，可以减轻婴幼儿呼吸困难。如应用效果不好，可选用镇静剂，苯巴比妥2～3mg/(kg·次)，或氯丙嗪0.5～1.0mg/(kg·次)，2次/d或3次/d，口服。
(1)合并肺部感染
给予抗生素，选用青霉素及头孢菌素类，静脉滴注。
(2)百日咳脑病
除给予有效抗生素治疗外，应用镇静剂，可选用苯巴比妥5mg/(kg·次)肌内注射，或地西泮0.1～0.3mg/(kg·次)肌内注射或静脉注射。难以控制的惊厥可选用异戊巴比妥钠5mg/(kg·次)，稀释后静脉注射或采用冬眠疗法。有脑水肿者应用甘露醇或山梨醇1～2g/(kg·次)，静脉注射。此外，应用肾上腺皮质激素有减轻脑水肿的作用。
预后
与年龄、原有健康状况及有无并发症等有关。年龄越小，预后越差，婴幼儿患病预后不良，并发有百日咳脑病及支气管肺炎预后不良。
胆汁对百日咳治疗有较好效果，认为能抑制百日咳杆菌，有镇静作用，可以减轻阵咳。新鲜鸡苦胆加白糖，1～5个月婴儿3天服完一只胆;5个月～1岁者2天服完一只胆;1～3岁1个/d，分2次或3次服。