白塞氏病的基本病理改变主要是非特异性小动脉毛细血管和小静脉炎症，并认为是一种过敏性血管炎，小血管周围可见单核细胞核淋巴细胞侵润，血管壁有显著的坏死和炎性细胞侵润，免疫复合物沉积。
口腔溃疡显微镜检查可见表皮的基细胞和棘层细胞层有单核细胞及淋巴细胞侵润，小血管炎症。
皮肤病变表现为皮下脂肪小叶间隔结缔组织内，真皮中下部细小血管(静脉多于动脉)和毛细血管有血管炎，毛细血管有纤维素渗出，内皮细胞增生，管壁增厚，周围有淋巴细胞侵润。皮下组织内以肉芽肿形成、组织坏死和大量中性粒细胞侵润形成的脓疡性改变为特征。
肠道病变病理上分为坏死型、肉芽肿型及混合型，坏死型分为急性、亚急性，肉芽肿为慢性病变，混合型介于二者之间，基本病理改变仍然是小血管炎症。