在流行期间，其主要措施为：①个人卫生 不用脏手揉眼，实行分巾分盆;②公共卫生 要对游泳池、浴室、理发店以及集体单位的浴池和洗脸池严加卫生管理;③隔离传染源 对患者应采取隔离措施，防止传播。在本病流行期间，对于车站、码头，应加强检疫工作，严禁病人外流;④在没有肯定有效的抗病毒药前，不要乱用“预防性眼药水”，以兔交叉感染;⑤加强消毒工作 肠道病毒对热及干燥敏感，加热至60℃分钟即可灭活。常用的消毒剂如酒精(50%30秒、70%10少、90%10秒)、碘剂(0.2%PA碘1分钟)、石炭酸(1%5分钟)及甲酚(3%15分钟)都有较好的灭活作用。建议临床上采用70%酒精(90%的刺激性太强)洗手等待干燥，以作为消毒措施。临床实验证明采用干扰素点眼，可预防本病的发生，由于经济价值较高，在大流行期间尚无实际应用价值。
对于神经系统并发症的预防，目前尚无有效方法。AHC患病期间，避免疲劳和禁止肌肉注射，对于减轻症状或减少该合并症的发生可能直到一定的作用。