很多甲状腺疾病患者对自己的病情并不是非常了解，甚至很多患者在症状已经有所体现的情况下也不知道自己身体的异常。目前治疗甲状腺疾病的药物有有硫氧嘧啶类以及咪唑类两种。具体治疗方法应根据不同疾病来治疗。
单纯甲状腺肿：单纯性甲状腺肿病人不需手术治疗，只需补充甲状腺素制剂治疗即可。一般服药一段时间后肿大的甲状腺会自行消退。目前，国内使用的甲状腺素制剂主要为两种，一种是甲状腺素片，40mg/粒;一种是左甲状腺素纳片(如优甲乐和雷替斯)，50ug/粒或100ug/粒。甲状腺素片是从猪的甲状腺内提取的动物制剂，比较粗糙，纯度不是很高;左甲状腺素片是人工合成的制剂，纯度比较高。
结节甲状腺肿：结节性甲状腺肿如果要治愈，只有手术治疗，但并不是所有的结节性甲状腺肿都需要手术治疗。一般结节性甲状腺肿中的结节至少超过20mm或怀疑恶性或出现压迫情况或位于胸骨后或继发甲状腺功能亢进或影响美观、工作和生活者才考虑手术。如果未出现上述情况，建议每隔半年B超随访即可。药物对治疗结节性甲状腺肿效果不好。
甲状腺功能亢进：甲亢的一般治疗包括注意休息，补充足够热量和营养等。
针对甲亢的治疗主要采用以下三种方式
1、抗甲状腺药物(ATD)。主要药物有甲巯咪唑(MMI)、丙基硫氧嘧啶(PTU)。抗甲状腺药物的副作用是皮疹、皮肤瘙痒、白细胞减少症、粒细胞减少症、中毒性肝病等。
2、131碘治疗。适应证包括：成人Graves甲亢伴甲状腺肿大Ⅱ度以上;ATD治疗失败或过敏;甲亢手术后复发;甲亢性心脏病或甲亢伴其它病因的心脏病;甲亢合并白细胞和(或)血小板减少或全血细胞减少;老年甲亢;甲亢并糖尿病;毒性多结节性甲状腺肿;自主功能性甲状腺结节合并甲亢。禁忌证为妊娠和哺乳期妇女。131I治疗甲亢后的主要并发症是甲减。发生甲减后，可以用甲状腺素制剂替代治疗，使甲状腺功能维持正常。
3、手术。手术治疗的适应证为中、重度甲亢长期药物治疗无效或效果不佳;停药后复发，甲状腺较大;结节性甲状腺肿伴甲亢;对周围脏器有压迫或胸骨后甲状腺肿;疑似与甲状腺癌并存者;儿童甲亢用抗甲状腺药物治疗效果差者;妊娠期甲亢药物控制不佳者，可以在妊娠中期(第13-24周)进行手术治疗。
亚急性甲状腺炎：亚急性甲状腺炎是一种自限性炎症，通常不需特殊治疗即可自行缓解。但病人应适当休息，同时可给予强的松或消炎镇痛类药物以减轻症状。
慢性淋巴细胞性甲状腺炎：慢性淋巴细胞性甲状腺炎的治疗手段比较有限。如甲状腺明显肿大或出现甲减时可以服用甲状腺素制剂治疗。现在发现硒在治疗慢性淋巴细胞性甲状腺炎方面有些效果，因此也可以服用硒酵母片进行治疗。
如果慢性淋巴细胞性甲状腺炎致甲状腺肿大出现压迫症状或甲状腺内出现结节且结节高度怀疑恶性时要考虑外科治疗。
甲状腺肿瘤
①甲状腺乳头状癌：多以淋巴结转移为主。颈部的淋巴结可分为I-VI区，一般II-VI区淋巴结和甲状腺癌转移有关。通常VI区淋巴结又称为中央组淋巴结，包括气管食管沟、气管前和喉前淋巴结;II-V区淋巴结又称为颈侧区淋巴结，包括颈部大血管周围淋巴结和副神经周围淋巴结。中央组淋巴结由于多位于甲状腺后方且直径很小，一般颈部B超难于发现;而颈侧区淋巴结则可通过B超检查发现是否有转移。多数情况下，一侧甲状腺乳头状癌多转移至同侧的淋巴结，但个别也可转移至对侧的淋巴结。淋巴结转移的途径一般是先转移至中央组淋巴结，然后再转移至颈侧区淋巴结;但也有个别癌肿如位于甲状腺上极的肿瘤可首先转移至颈侧区的淋巴结。文献报道，不管肿瘤大小如何，通常中央组淋巴结转移率可达50%左右。有鉴于此，最新一期我国分化型甲状腺癌的指南强调中央组淋巴结的清扫。但对于甲状腺的切除范围，可根据肿瘤的分期、各地的医疗条件和病人对疾病的认识程度实行个体化方案，但至少要切除患癌侧腺叶+峡部。
②甲状腺滤泡状癌：多通过血行远处转移至肺、骨、脑和肝等器官，比较合理的手术方案是行双侧甲状腺的全/近全切和患侧中央组淋巴结清扫，然后行碘131治疗。但由于术中冰冻病理切片多难确定滤泡状癌，因此常需行再次的补充手术。
根据国外经验，由于分化型甲状腺癌预后较好，因此如果手术切除彻底，术后再辅以碘131巩固治疗。碘治疗结束后终身服用甲状腺素制剂行抑制治疗往往可达到根治的效果。但对于术后甲状腺残留较多的分化型甲状腺癌，由于碘治疗无法起到巩固治疗的效果，同时反复多次碘治疗过程中停用甲状腺素制剂可引起肿瘤复发或去分化，因此，对于甲状腺残留较多的病人，多建议服用甲状腺素制剂行抑制治疗。至于甲状腺素抑制治疗的剂量要根据肿瘤的分期因人而异。
③甲状腺髓样癌：是发生于甲状腺C细胞的中度恶性肿瘤。可分为散发、家族和MEN2型。病人主要表现是甲状腺无痛性硬实结节，局部淋巴结肿大。有时淋巴结肿大成为首发症状。部分甲状腺髓样癌病人可出现腹泻、腹痛和面色潮红。体检甲状腺肿物质硬，边界不清，表面不光滑。散发性多为一侧甲状腺肿物，而家族型及MEN2型可为双侧甲状腺肿物。
甲状腺髓样癌病人血清降钙素水平升高，部分病人癌胚抗原(CEA)水平也升高。B超提示肿块多位于甲状腺上半部，可单发或多发，呈低回声，肿块的中心位置多有钙化，且结节无声晕，血供多丰富。
甲状腺髓样癌可早期发生淋巴转移，且可通过血行发生远处转移，因此预后较分化型甲状腺癌差。由于髓样癌对甲状腺素制剂和碘131治疗都无效果，因此，只有手术是治疗髓样癌最有效的方法。手术切除范围要包括双侧甲状腺全切，患癌侧中央组淋巴结清扫;如术前发现有颈侧区淋巴结的转移则必须行颈侧区淋巴结清扫。但对于家族型髓样癌，即使没有发现颈侧区淋巴结转移，也可进行预防性颈侧区淋巴结清扫。由于髓样癌术后甲状腺功能缺失，因此必须给予甲状腺素制剂行替代治疗。
④甲状腺未分化癌：为高度恶性肿瘤，多见于老年病人，一般年龄超过65岁。绝大多数病人表现为突然发生的颈部肿块，肿块坚硬，表面凹凸不平、边界不清、活动度差且迅速增大。可伴有声嘶、呼吸和吞咽困难，局部可有淋巴结肿大。B超上表现为边界不清的不均匀团块，常累及整个腺叶或腺体。多数情况下可出现坏死区。
由于甲状腺未分化癌恶性程度高，病情发展非常迅速，易侵犯周围的器官组织如气管、食管、颈部的神经和血管，因此，往往就诊时已是晚期，无法手术切除，只能行外放射治疗和化疗，仅在气管受压或阻塞时才行甲状腺峡部切除或气管切开。近年来，有人主张对早期甲状腺未分化癌，如原发灶小，可施行腺叶切除或全甲状腺切除，术后辅以外放射和化疗，也可以取得很好的疗效。