肠结核的治疗与肺结核一样，均应强调早期、联合、适量及全程用药。
一、对症处理和手术治疗
腹痛可用颠茄、阿托品或其它抗胆碱药物。不完全性肠梗阻有时需行胃肠减压，并纠正水、电解质紊乱。有贫血及维生素缺乏症表现者，对症用药。
二、休息与营养
合理的休息与营养应作为治疗结核的基础。活动性肠结核应强调卧床休息，减少热量消耗，改善营养，增加机体抗病能力。
三、抗结核药物治疗
抗结核药物选择、用法详见肺结核。一般可分长疗程法与短疗程法：
(一)长疗程法
此系标准疗法，用异菸肼、链霉素两药或加对氨基水扬酸三药联合应用。全程需12-18个月。
(二)短疗程法
疗程缩短至6-9个月其疗效与复发率和长疗程法取得同样满意效果。一般用异菸肼和利福平二种杀菌剂联合，对严重肠结核或伴有严重肠外结核者，宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇三药联合。
此种短疗程法需注意药物对肝脏的损害。可用利福啶代替利福平，每日150mg，毒性似较利福平为低。