一、血液检查
溃疡型肠结核可有中度贫血、白细胞计数正常、淋巴细胞偏高，并发感染时白细胞计数和中性粒细胞增加。血沉多数明显加快，可作为估计结核病变活动程度的指标之一。
二、粪便抗酸杆菌检查
溃疡型肠结核的粪便多呈糊样，一般观察不到黏液和脓血，常规检查可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩后找结核菌，检查阳性患者有助于肠结核的诊断，但必须同时进行痰液浓缩找结核菌;如痰液阴性而粪便阳性才有意义。
三、X线检查
钡餐X线检查对肠结核的诊断有肯定的价值。钡餐检查除可明确肠道器质性病变外，还可以了解其功能情况。如果有肠梗阻或或病变广泛而涉及结肠其它部位者，应该先作钡剂灌肠检查。
X线的主要表现有
(1)肠运动过速，钡剂常在24小时内全部或近乎全部排空。
(2)病变在回盲部者，产生回肠雍滞与盲肠钡餐残影。
(3)病变侵及结肠时，升结肠、横结肠、甚至降结肠等除皆有激惹现象，造成钡餐残影，外廓不规则及结肠袋消失。
(4)病变侵及小肠，可出现小肠动力加快及肠壁松紧不均，有分结现象。钡剂呈雪花样分布，小肠边缘可锯齿样改变。
(5)肠道狭窄时，X线显示狭窄上段肠腔扩张和不完全性肠梗阻。
增生性肠结核主要表现为盲肠或其附近肠段的充盈缺损、粘膜皱襞紊乱、肠壁增厚僵硬、肠腔狭窄、狭窄近段肠曲扩张，以及其它不完全性肠梗阻征象。
四、结核菌素试验
对增生性肠结核的意义较大，如结核菌素1：10，000试验呈阳性，则有一定的参考价值。
五、纤维结肠镜检查
一般不作为常规性检查，如病变累及上段结肠，作纤维结肠镜检查及肠粘膜活检可以明确病变的性质和范围。
诊断
在严重而比较晚期的病例，因有开放性肺结核证据，并伴有腹痛、腹泻、发热等症状，诊断一般无困难。早期诊断常因症状不明显和缺乏特征性，而易漏诊。
此时，临床诊断的确立主要依靠胃肠X线检查。对疑似的肠结核患者可给予足量的抗结核药物治疗两周，观察临床表现有无好转，以便明确诊断。对增生型肠结核患者，有时需要进行剖腹探察才能最后确诊。
鉴别诊断
一、局限性肠炎
本病的临床表现与X线表现与肠结核相似，主要的不同在于病程一般比肠结核更漫长，有缓解与复发的交替出现。
X线征象主要在回肠末段，有边缘不齐的线条状阴影，肠曲病变呈分段分布，间以扩张的肠曲。肠梗阻、粪瘘等并发症一般比肠结核更加常见，抗结核治疗无效。
二、右侧结肠癌
发病年龄比较大，常在40岁以上，无肠外结核证据，一般无结核毒性症状，病情呈进行性发展。X线表现主要是回盲部钡剂充盈缺损，涉及范围局限，不累及回肠。肠梗阻症状比较早，纤维结肠镜检查可窥见肿瘤，在直视下活检可证实结肠癌。
三、其它
有腹痛、腹泻、右腹肿块的肠结核病例还应与慢性细菌性痢疾、慢性非特异性溃疡性肠结核、慢性阑尾炎、慢性阑尾周围脓肿、肠套叠等相鉴别。