典型病例的诊断一般无困难。但疾病早期，常因症状不明显或缺乏特征性而易漏诊。下列几点可做为诊断本病的依据。
一、临床表现有长期发热、盗汗、腹痛、腹泻(或便秘)的青壮年患者。
二、肺结核或其它肠外结核患者原病灶已好转，但消化道症状和结核毒血症状反见加重者。
三、右下腹肿块伴压痛，或出现原因不明的不完全性肠梗阻表现者。
四、胃肠X线检查回盲部有激惹、钡剂充盈缺损或狭窄征象者。
对于疑有肠结核的患者，在初步排除相关的疾病后，仍难确诊时，可给予抗结核药物，治疗两周，观察疗效，以帮助诊断。
本病应与下列疾病相鉴别
一、克隆病
本病的临床表现和X线征象与肠结核极为酷似，有时甚难鉴别，可借助下列几点协助诊断。
①本病无肺结核或肠外结核病史;
②病程一般更长，不经抗结核治疗可出现间断缓解;
③粪便及其它体液及分泌物检查无结核菌;
④X线检查可见病变以回肠未端为主，有多段肠曲受累，并呈节段性分布;
⑤肠梗阻、粪瘘等并发症较肠结核更为多见;
⑥切除病变肠段作病理检查无干酪样坏死，镜检与动物接种均无结核杆菌。
二、右侧结肠癌
①本病发病年龄多为40岁以上中老年人;
②无长期低热、盗汗等结核毒血症及结核病史;
③病情进行性加重，消瘦、苍白、无力等全身症状明显;
④腹部肿块开始出现时移动性稍大且无压痛，但较肠结核肿块表面坚硬，结节感明显;
⑤X线检查主要有钡剂充盈缺损，病变局限，不累及回肠;
⑥肠梗阻较早、较多出现;
⑦纤维结肠镜检可窥见肿瘤，活检常可确诊。在临床上结肠癌的发病率较肠结核为高。
三、阿米巴或血吸虫病性肉芽肿
肠阿米巴或血吸虫病可形成肉芽肿病变，在鉴别诊断上应注意。
该类疾病无结核病史，脓血便较常见，粪便中发现有关的病原体，直肠及结肠镜常可证实诊断，相应的特异性治疗有效。
四、其他疾病
除上述疾病外，肠结核尚应与下列疾病鉴别：以腹痛、腹泻为主要表现者应与腹型淋巴瘤、肠放线菌病相鉴别。
以急性右下腹剧痛为主要表现者应注意避免误诊为急性阑尾炎;以慢性腹痛牵扯上腹部者易与消化性溃疡、慢性胆囊炎混淆;有稽留高热者需排除伤寒。