1. 膳食结构不合理：蛋白质食物摄入偏多，如肉类、蛋、奶;含碳水化合物食物(主
食)摄入少且过于精细(粗粮少);含膳食纤维食物摄入不足，如蔬菜、豆类、水果。此外，饮水少亦为重要原因。
2. 肠道菌群失调：肠道内有益菌减少，如双歧杆菌、嗜乳酸杆菌和粪链球菌等，而有害菌
增多，如革兰氏阴性杆菌、梭状芽孢杆菌及其它腐败菌，而产生大量肠毒素和有害物质，使肠蠕动减慢，肠功能紊乱。
3. 环境、生活习惯改变：入幼儿园后，由于环境陌生，生活方式变化大，部分儿童因为害
怕，尽量避免在幼儿园解大便;学龄期儿童由于上课等因素，经常试图抑制排便。粪便往往储留于直肠，久而久之，盆底肌疲劳而致收缩无力，肛门括约肌松弛。液态粪汁自粪块周围渗漏，而使粪便污染内裤或大便失禁。有时伴有腹痛、食欲下降等。
4. 活动量少：现今社会生活内容及节奏变化，儿童每天活动量亦受影响，特别是7岁以上
儿童，白天大部分时间上课学习，回家后做作业、看电视、操作电脑等，使活动量大为下降。
5. 缺乏正规排便习惯训练：排便习惯训练是指在餐后半小时内胃结肠反射最活跃期间，
有目的地使小儿入厕(或坐便盆等)，逐渐养成良好的排便习惯，使其由反射性排便过渡到规律性排便以适应社会秩序，防止功能性便秘发生的良好生活训练方式。以18个月左右开始为宜。
6. 精神因素 20%的患儿有精神因素，有学者称之为精神性便秘。在发生便秘前遇到突发事
件，如家庭不合、父母离异，搬迁新居、转学、面临考试或升学等，患儿情绪差、焦虑或抑郁，影响正常排便。