一个唇腭裂患者自出生后大致要经过3-4次的序列手术治疗才能最终完成手术，达到满意的效果。
出生后3月左右首先行唇裂修复术，10月左右完成腭裂修复手术，在患儿开始学说话前及时手术、术后配合语言训练对日后患者的发音说话至关重要。
12岁-14岁时做牙槽嵴裂的植骨修复，以便使裂开的牙槽骨融为一体，关闭口腔和鼻底之间的漏洞，为后期正颌手术打下基础，并同时做鼻唇部畸形的整形，进一步改善面部外形。
尽管在早期已经做了上述手术，但随着患者的生长发育，大多数患者至成年后会遗留程度不同的上颌骨发育不良，表现为上颌骨后缩、面中部凹陷以及反颌畸形，需要通过截骨的方式进一步改善畸形和恢复咬合功能。
此类手术治疗又称为唇腭裂正颌外科治疗。中国医学科学院整形外科医院整形科张智勇
采用正颌外科技术矫治唇腭裂患者上颌骨畸形在国外于上个世纪七十年代就已开始，目前已发展成为一种成熟的技术。
只有通过正颌外科手术，将畸形的上颌骨和/或下颌骨重新截骨排列，才能达到从根本上矫治畸形、改善面部形态和恢复功能的目的。
唇腭裂患者正颌外科治疗的手术时间应在患者成年颌面骨发育定型后，一般在16-18岁以后进行。
由于手术比较复杂，手术前需要仔细的检查和周密的设计。首先做X-线片及三维CT检查，了解上下颌的畸形发育情况。然后取上下颌咬牙合模型，分析上颌骨需要截骨前移的距离以及上下颌咬颌关系。
咬颌关系过于错乱者，术前应先在口腔科做正畸治疗，将拥挤错乱的牙齿重新排列，为后期手术做准备。
手术需要全麻，经口内切口通过特殊的截骨方法，将后缩的上颌骨截断前移，以恢复面中部的前突度及上下牙的咬合关系，矫正面中份凹陷和反颌畸形。
早期未做植骨修复的患者，上颌骨多为两段(单侧腭裂)或三段(双侧腭裂)，在分块截骨前移后，还需同时植骨修复裂隙。
目前多主张正颌手术前，应先做牙槽嵴裂的修复，关闭口鼻漏，这样可提高手术的成功率、减少并发症的发生、且术后效果更为稳定。对严重的病例，有时还需要同时将前突的下颌骨截骨后退以及下巴颏缩短并前移，如此，才能达到最佳的手术效果。
手术后上下颌之间用橡皮圈弹力牵引8-12周，维持上颌骨的位置，巩固手术效果。然后去除牵引，在口腔科进一步调整咬合。