引发闭经的原因有功能性及器质性两种。下丘脑-垂体-卵巢轴的功能失调所致的闭经为功能性闭经;器质性因素有生殖器官发育不全、肿瘤、创伤、慢性消耗性疾病等。大多数女性闭经的主要原因还是功能性闭经。引起闭经的原因很多很复杂，但是一般女性平时月经正常突然间的闭经。
女性超过18周岁还没有来月经，或有过正常月经但已停经3个月以上都叫闭经，前者叫原发性闭经，后者叫继发性闭经。有些少女初潮距第二次月经间隔几个月，或一两年内月经都不规律，两次月经间隔时间比较长，都不能算闭经。这是因为她们的生殖器官还没有发育成熟，卵巢功能还不完善的缘故。
原发性闭经多数是由先天性异常引起的，主要为性染色体异常、性腺发育不全、性分化异常、副中肾管发育障碍和HPOU轴不成熟所致。根据国内(葛秦生，1981)120例原发性闭经病因分析：45，XO及其嵌合型占42.5%，单纯性性腺发育不全15%，睾丸女性化综合征5.8%，以上三者占总数63.3%(76/120)。根据国外(Lewis1970，Hauser&Kumschick l966)538例原发性闭经病因分析：45，XO及其嵌合型29%。46，XY女性11%，多囊卵巢10%，卵巢不敏感综合征9%。以上四者占60%。性腺外因素HPOU轴不成熟10%，副中肾管发育障碍20%，迟发青春期6%，其他4%。
另外还有几种原因也会导致闭经
1、节食过度、缺乏营养导致闭经。
2、服用某些药物导致的闭经。
3、运动量过大导致闭经。