化疗是鼻咽癌的另一个重要的治疗方法，近年来化疗成为局部晚期鼻咽癌治疗研究的另一热点，主要研究如何与放疗相结合以获取更好酌疗效。化疗药物种类很多，有较经典的抗肿瘤药物，如5一氟尿嘧啶(5-FU)、博来毒素(BLM)、环磷酰胺(CTX)、甲氨蝶呤(MTX)、多柔比星(ADM)、表阿霉素(EPI)等，也有近年来发展的药物，如紫杉醇、多西紫杉醇、多西他赛、羟基喜树碱等。化疗的方法也很多，有单一药物化疗，也有联合用药化疗，而以联合用药的方法为多。化疗的给药途径有经静脉及肌肉注射给药、经血管介入插管灌注给药。单纯化学治疗的目的主要是减轻已有症状和延缓新症状的出现，但缓解期短，仅极少数患者能够长期生存。大多数情况下，化学治疗是和放射治疗联合应用来治疗鼻咽癌，放化疗的运用策略包括诱导化疗、同步放化疗、辅助化疗及这几种方法的搭配，对于不适于放疗的晚期患者，还可以采取姑息化疗的方法。尽管各种化疗开展得如火如荼，但各自的疗效仍未最终明确。
对于辅助化疗即放疗结束后1个月左右开始的全身化疗，其目的在于消灭放疗后局部残留的肿瘤细胞以及全身可能存在的亚临床转移灶。遗憾的是在一系列鼻咽癌辅助性化疗的病例研究中，并未显示出辅助性化疗对降低远处转移和提高生存率有任何帮助。单纯研究辅助化疗的文献较少，较早的一篇是意大利Rossi等进行的一项前瞻性随机对照实验，采用VCA(VCR+CTX十ADR)6个疗程化疗，随访4年表明辅助放疗组与单纯放疗组总生存率及无复发生存率差异无统计学意义。此临床试验的缺陷是非DDP为主的联合化疗方案。另有部分研究提示辅助化疗有生存优势，但这些研究为非随机性研究或病例数太少，难以说明问题。Chi等对157例晚期(AJCCⅣ期)鼻咽癌患者进行了放疗十辅助化疗与单纯放疗的Ⅲ期临床试验，化疗方案为DDP+5-FU+I)V，共9个周期，结果未见辅助化疗组与单纯放疗组的5年总生存率及无远处转移率有显著性差异，分别为54.5%对60.5%和54. 4%对49.5%。