由于目前没有特效的抗病毒药物，女性尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗。一般只要坚持规则的综合治疗都可治愈。
1、手术疗法
对于单发、面积小的湿疣，可手术切除;对巨大女性尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净。
2、冷冻疗法
利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗女性尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落。本法适用于数量少、面积小的湿疣，可行1-2次治疗，间隔时间为一周。
3、激光治疗
通常用CO2激光，采用烧灼法治疗女性尖锐湿疣。本疗法最适用女阴、阴茎或肛周的湿疣，对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2-3次治疗，间隔时间一般为一周。
4、电灼治疗
采用高频电针或电刀切除湿疣，局部麻醉，然后电灼。本疗法适应数量少、面积小的湿疣。
5、微波治疗
采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到就体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
6、化学治疗
(1)0.5%鬼臼毒素酊(或0.15%霜)
适用于治疗直径≤10mm的生殖器疣，临床治愈率可达90%左右。用药疣体总面积不应超过10cm2，日用药总量不应超过0.5ml。用药后应待局部药物自然干燥。副作用以局部刺激作用为主，可有瘙痒、灼痛、红肿、糜烂及坏死。另外，此药有致畸作用，孕妇忌用。
(2)5%咪喹莫特霜
治疗女性尖锐湿疣，疣体的清除率平均为56%。该疗法的优点为复发率低，约为13%。出现红斑不是停药指征，出现糜烂或破损需要停药并复诊，由医生处理创面及决定是否继续用药，副作用以局部刺激作用为主，可有瘙痒、灼痛、红斑、糜烂。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未确立，孕妇忌用。
(3)80%～90%三氯醋酸或二氯醋酸
需由医生实施治疗。使用时，在疣损害上涂少量药液，待其干燥，此时见表面形成一层白霜。在治疗时应注意保护周围的正常皮肤和黏膜，如果外用药液量过剩，可敷上滑石粉,或碳酸氢钠(苏打粉)或液体皂以中和过量的、未反应的酸。此药不能用于角化过度或较大的、多发性以及面积较大的疣体。不良反应为局部刺激、红肿、糜烂等。
7、氨基酮戊酸光动力学疗法(ALA-PDT疗法)
本法可选择性杀伤增生旺盛细胞，不仅对肉眼可见的女性尖锐湿疣有破坏作用，还可清除亚临床损害和潜伏感染组织。具有治愈率高、复发率低、不良反应少且轻微、患者依从性好等优点。
8、免疫疗法
不主张单独使用，可作为辅助治疗及预防复发。可用干扰素肌内、皮下和损害基底部注射，白介素-2皮下或肌内注射，聚肌胞肌内注射等。