潜伏期3周到8个月，平均3个月，多见于性活跃的青、中年男女，发病高峰年龄为20-25岁，病程平均在3-5个月的男女患者，在性接触后不久即发病，而病程平均12个月的男性患者，其性接触者可不发病。多数患者一般无症状。损害大小及形状不等。可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害：在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感;有恶臭味;有时小的湿疣可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难;直肠内女性尖锐湿疣可发生疼痛、便血，而直肠内大的湿疣则可引起里急后重感。
男性
患者好发于包皮系带、冠状沟、包皮、尿道、阴茎、肛门周围和阴囊。病初为淡红或污红色粟状大小赘生物，性质柔软，顶端稍尖，逐渐长大或增多。可发展成乳头状或囊状，基底稍宽或有带，表面有颗粒。在肛门部常增大，状如菜花，表面湿润或有出血，在颗粒间常积存有脓液，散发恶臭气味，搔抓后可继发感染。位于湿度较低干燥部位的生殖器疣，损害常小而呈扁平疣状。位于湿热湿润部位的疣常表现为丝状或乳头瘤状，易融合成大的团块。有严重肝病的患者湿疣可增大。妊娠可使湿疣复发或生长加快。
女性
损害常累及从宫颈到肛门所有鳞状上皮覆盖区域的多个部位，呈多中心病变，严重者可累及宫腔，宫颈湿疣多发生在宫颈移行区内，单发或多发，可融合，有点类似于乳头状上皮增生，但可在半透明的上皮下见到规则的管袢，依靠带放大镜的阴道镜则可以发现约1/3患外阴湿疣的女性有阴道湿疣，阴道湿疣常多发，多见于阴道的上1/3和下1/3部，损害表现为高起，稠密的白色突起，有时呈一凸起无血管分布的角化斑块，阴道湿疣的特点之一是可自发性消退，特别是在宫颈和外阴的病变治疗之后，外阴湿疣最常见，一般为柔软，粉红或灰白色，有血管的无蒂赘生物，表面具有多发的指状突起，初发于潮湿和性交摩擦部位，如阴道口，阴唇，尿道口，处女膜，也可扩散到外阴其他部位或肛周，非黏膜区的湿疣则表现更为角化，类似于寻常疣，女性女性尖锐湿疣大多数无症状，有时可有瘙痒，疼痛，性交后出血和阴道分泌物。
婴儿和青春期的男女儿童可发生肛周湿疣，女性儿童可有外阴湿疣，其传染性很难判断，是否由于HPV的长期潜伏，性虐待或通过日常用具传播不能确定，国外有mansion88 app 指出，女性尖锐湿疣是儿童性虐待的标志。
喉部女性尖锐湿疣大多数病例报告发生在婴儿，主要由HPV6和HPV11引起，病毒传染途径是经胎盘，围生期或生后感染还不清楚;成人喉部女性尖锐湿疣则和口交有关，巨大女性尖锐湿疣又称癌样女性尖锐湿疣，表现为疣体过度增生，类似鳞癌，但组织学示良性病变，与HPV6感染有关，妊娠期女性尖锐湿疣生长快，脆性增加，应去除; 鉴于剖宫产预防新生儿感染价值不明，常规仍应采用阴道分娩，仅在疣体增大到阻塞产道或可能导致大出血时才推荐剖宫产。
亚临床感染
绝大多数生殖道肛门HPV感染是亚临床的，组织细胞学方法也仅能检出不到一半，更多的是核酸水平的亚临床感染，组织细胞水平亚临床感染男性可通过醋酸白试验发现，部位主要在阴茎和阴囊;女性可由阴道镜，醋酸白试验，病理，宫颈涂片等方法检测，以宫颈感染最常见，有醋酸白上皮区，阴道前庭乳头瘤，融合型乳头瘤3种主要表现。
临床观察到典型皮损，结合有
1.接触史：有非婚性行为史或配偶感染史或间接感染史。
2.临床表现：男性及女性在生殖器，会阴或肛门周围，出现多个粉红色，灰白色或灰褐色丘疹，或乳头状，鸡冠状，菜花状赘生物，少数患者有痒感，异物感，压迫感或灼痛感，可因皮损脆性增加而出血，女性可有阴道分泌物增多。
3.辅助检查：醋酸白试验，病理学检查等辅助检查有助于诊断。