布加氏综合征传统的治疗方法主要为各种转流手术。如腔-房、肠-房和肠-颈静脉人工血管转流术等。经临床观察，这类手术由于人工血管血栓形成及狭窄所致的手术失败是其主要问题，对于不能耐受手术者，围手术期死亡率高，经过手术治疗的患者也未能延长术后生存期。传统的手术治疗需要开胸、开腹，在大血管上实施手术，不但创伤大，恢复慢，而且操作复杂，风险极大，目前已逐渐被放弃。取而代之的是微创手术治疗。对于短段阻塞，微创介入球囊扩张及支架植入术治疗多数可使部分血管恢复血流，有较好的近期疗效，但远期治疗效果欠佳，术后1年通畅率仍较低。若为下腔静脉长段血栓或复杂病变，微创介入治疗往往无能为力，强制进行反而会出现下腔静脉破裂、出血等危重并发症。
采用中西医结合慢性溶栓疗法治疗布加氏综合症，经过临床观察，无论在治疗费用、治疗风险及远期疗效上均优于微创介入治疗及传统手术治疗。
由于布加氏综合症病情复杂，临床表现各异，因此，在溶栓治疗的基础上需要根据患者的具体表现，损害的脏器情况及不同时期制定相应的治疗方案。对于脾肿大，脾功能亢进，血小板减少者，在治疗上需要根据血小板的水平，酌情减少溶栓药物的剂量并采用中医辨证论治，运用中药提高血小板的水平，同时采用活血止血的方法避免消化道出血。在治疗过程中，要密切监测血凝指标、便潜血。门静脉高压患者出现消化不良、腹泻，运用特色中药方剂健脾止泻，改善肠道功能;对于出现顽固性大量腹水的患者，采用药物治疗结合腹水回输，能使大量腹水消失，并且不易复发，有效避免了因反复腹腔穿刺行腹腔减压，大量蛋白不断丢失，最后死于严重营养不良的后果;对于就诊较晚已出现肝硬化的患者，采用特色中药软坚散结、活血化瘀治疗，以延缓肝硬变的进程，并可使部分患者肝硬化逆转。
临床治疗证实，治疗布加氏综合症采用辨证治疗与溶栓治疗相结合更为理想。