布加氏综合症的早期治疗意义重大，直接关系到了患者的预后。
布加氏综合症急性期患者通常死于肝昏迷、肝肾综合征及出血，危重者常在数周内死亡;布加氏综合征慢性期患者的病程可长达数年，其预后与是否及时有效的治疗有直接关系。布加氏综合征患者一经确诊，应及时采用中西医结合慢性溶栓疗法进行规律治疗，及时开通肝静脉及其分支静脉、下腔静脉等血管通道，使肝淤血、门脉高压尽早得到缓解，可使肝功能好转，腹水消失，与此同时，积极祛除发病因素，使病情得到有效缓解。
临床治疗布加氏综合征的过程中，应根据患者的肝功能情况，合理选择溶栓药物的剂量，同时配合中药活血、止血，能有效防止因患者肝功能较差导致出血倾向的发生。在治疗中，解除肝静脉回流障碍比解除下腔静脉回流障碍更为重要，因肝静脉回流障碍引起的门静脉高压可导致肝功能的进行性损害、顽固性腹水和食管静脉曲张出血，对患者的生命威胁更大。
因此，布加氏综合征早期治疗，可使肝功能得到逆转，避免出现严重营养不良、顽固性腹水等严重并发症。布加氏综合征患者若就诊较晚，肝功能受损严重，大量顽固性腹水、食管胃底静脉曲张破裂，出现上消化道出血及肝功能衰竭等多种并发症，则预后较差。