扁平苔藓治疗方法较多，但尚无特别有效的方法。除极个别有可能发生恶变外，基本上呈良性，通常有自限性，多数病例可能在2年内自愈。所以，在采用某种治疗时，应权衡利弊，选择合适的方法。
1.一般治疗
限制饮酒及刺激性饮食，生活要规律化，消除精神紧张，治疗慢性病灶，控制搔抓及避免热水肥皂烫洗等。
2.内用治疗
(1)皮质类固醇激素
是治疗本病较有效的药物，尤其适用于急性泛发性者，可使皮损消退，瘙痒减轻。应用的最小有效剂量相当于泼尼松15～20mg/d，有效后逐渐减量至停药，用药时间约3个月左右。
(2)维A酸
有用单芳香维甲酸阿维A酯(依曲替酯)75mg/d及阿维A酯的主要代谢产物阿维A酸(伊曲替酸)20～50mg/d治疗扁平苔藓获良效的报道。亦可用13-顺维甲酸30～50mg/d。有效者一般表现为治疗后1个月瘙痒减轻，2～3个月后皮损范围缩小，浸润减轻，缓解或显效常出现于疗后4～6个月，口腔黏膜损害则常需较长时间的治疗才能奏效。用药1个月无效时应停药。维A酸治疗扁平苔藓的作用机制尚不清楚，可能与其有抑制表皮角化过度，能使萎缩或角化过度的上皮细胞恢复正常有关。
(3)抗组胺药
对瘙痒者可予应用，以减轻痒感。
(4)氨苯砜
对皮肤和口腔糜烂型及大疱性扁平苔藓有效。用量50mg，口服，每天2～3次。
(5)抗生素
有报告用异烟肼、青霉素、磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(复方新诺明)、甲硝唑治疗扁平苔藓有效。
(6)灰黄霉素
文献报道用灰黄霉素治疗扁平苔藓，痊愈率达54.5%～70%，疗效与皮损的急性程度及疗程长短有关。每天用量0.6～1.0g，疗程2～3个月，伴甲损害者疗程需更长一些，用药1个月左右可开始减量。作用机制与灰黄霉素抗有丝分裂作用有关。
(7)氯喹或羟氯喹
对光线性扁平苔藓和扁平苔藓甲疗效较好，对大疱性扁平苔藓、红色扁平苔藓、线状扁平苔藓和黏膜扁平苔藓也有效。剂量为250mg，每天2次，两周后改为250mg，每天1次，连服1～3个月。羟氯喹，200～400mg/d。有作者观察氯喹治疗口腔扁平苔藓前后血清白介素2受体的变化及与临床症状改变的关系，认为用氯喹治疗口腔扁平苔藓时以30天1疗程为宜，在2个疗程间可以用其他方法治疗，这样既可控制扁平苔藓的症状，又可避免因长期应用氯喹而引起的毒副作用。
(8)免疫调节剂
左旋咪唑治疗本病有效，对泛发性扁平苔藓及红斑性扁平苔藓疗效较好，转移因子对治疗口腔扁平苔藓有一定效果。
(9)苯妥英钠
有报告用苯妥英钠每天100～200mg治疗25例扁平苔藓病人，其中15例用药9～24周，10例用药2～8周，结果14例获痊愈，11例显效。其作用机制可能与其能抑制细胞介导的免疫异常、减少白细胞游走、抗炎、抗胶原酶和溶酶体酶活性等作用有关。
(10)免疫抑制剂
对较严重的、顽固难治的扁平苔藓可试用硫唑嘌呤或环磷酰胺25～50mg，每天2次。近年有一些报道用环孢素治疗扁平苔藓效果明显，用量为3～5mg/(kg·d)，疗程2周，皮损明显好转，但停药后有复发者。本药价格较贵，且可致高血压，肾功能不全等全身副作用，故应慎用。
3.局部治疗
(1)外用药原则为止痒、消炎。可用各种皮质类固醇乳剂或用0.05%～0.1%维A酸霜，或各种焦油制剂(如黑豆馏油、糠馏油、松馏油、煤焦油)及5%水杨酸、1%～2%石炭酸等配成软膏或泥膏外用。对限局性或肥大性者可用10%～20%水杨酸火棉胶外涂。
(2)口腔糜烂者除用双氧水、复方硼酸溶液或菊花、双花冲水含漱口腔外，可用鹅口散、铴类散、西瓜霜、青黛散等外涂，或复方维甲酸药膜外用。
(3)少数孤立或肥大型及外用药物无效者可用醋酸泼尼松龙或地塞米松加等量1%盐酸普鲁卡因注射液皮损处皮下注射，每周1～2次，4次为1疗程。
4.物理治疗及手术治疗
(1)光化学疗法(PUVA)
有报道用光化学疗法治疗扁平苔藓有效，临床得到缓解，组织学上也显示皮损内炎症细胞消失，痊愈者未见复发，故认为用PUVA治愈扁平苔藓后无需再用维持量巩固疗效。
(2)激光
红斑鳞屑性损害可用氩离子激光照射;疣状增殖、肥厚性斑块等损害可采用二氧化碳激光烧灼，口腔糜烂型扁平苔藓也可用二氧化碳激光治疗，但可能复发。
(3)手术治疗
对小范围的溃疡性损害或有癌变者可行手术切除。