原发性硬化性胆管炎的发病多较隐晦，初起无明显先兆和特异症状，常偶然发现黄疸并进行性加重，病人因胆管往往不是完全阻塞，很少有灰白色大便，临床上常误诊为“急性传染性肝炎”，黄疸加重后有皮肤瘙痒，如合并胆道感染，可有右上腹痛，发热和寒战，随着病情发展，黄疸时间的延长，病人出现肝，脾大，后期因肝功能衰竭可出现腹水，少尿，肝性脑病等。
原发性硬化性胆管炎根据临床症状，分为无症状和有症状两类：
1.无症状
病人无明显症状，常为疾病前期或早期，虽影像学检查符合硬化性胆管炎的表现，而病人无黄疸。
2.有症状
又分为轻症和重症：轻症患者有不适，易疲乏，厌食，体重减轻，腹痛，发热，黄疸，皮肤瘙痒，而无门静脉高压的症状和体征，重症患者则明显黄疸，肝脾大，腹水，脑病或食管静脉曲张出血等肝硬化晚期症状。