像任何纵隔肿瘤一样，胸腺瘤的临床症状产生于对周围器官的压迫和肿瘤本身特有的症状——合并综合征，小的胸腺瘤多无临床主诉，也不易被发现，肿瘤生长到一定体积时，常有的症状是胸痛，胸闷，咳嗽及前胸部不适，胸痛的性质无特征性，程度不等，部位也不具体，一般讲比较轻，常予对症处理，未做进一步检查，症状迁延时久，部分病人行X线检查，或某些病人在体查胸透或摄胸片时发现纵隔肿物阴影，被忽略诊断的胸腺瘤此时常生长到相当大体积，压迫无各静脉或上腔静脉梗阻综合征的表现，剧烈胸痛，短期内症状迅速加重，严重刺激性咳嗽，胸腔积液所致呼吸困难，心包积液引起心慌气短，周身关切骨骼疼痛，均提示恶性胸腺瘤或胸腺癌的可能。
20%～40%胸腺瘤在发现时没有症状，仅在查体时偶然发现。1/3的患者有瘤体侵犯或压迫邻近纵隔结构所引起的局部症状，包括咳嗽、胸痛、气短、吞咽困难、声嘶或呼吸道感染，上腔静脉压迫综合征多见于恶性胸腺瘤。30%一50%的胸腺瘤患者合并重症肌无力，但重症肌无力患者仅有15%-20%有胸腺的病变。重症肌无力在女性患者更常见，表现为复视、上睑下垂、肌肉无力和容易疲劳等症状。胸腺切除术后2/3患者重症肌无力症状能够减轻，但常需要数月时间。少数患者可发生低丙种球蛋白血症、单纯红细胞再生障碍、皮质醇增多症以及一些免疫异常如红斑狼疮、多发性肌炎等。
以往按胸腺瘤的细胞病理学结构将其分为三型：1、上皮细胞型。2、淋巴细胞型，淋巴细胞为主。3、混合型，兼有以上两种细胞。为更好地反映胸腺瘤的性质，1999年世界卫生组织(WHO)提出胸腺瘤的新的分类标准，主要由髓质向皮质依次分为下述类型：
1、A型：髓质上皮瘤，细胞呈棱形或圆形。
2、AB型：肿瘤兼具A型及B型两方面特点，为上皮细胞、淋巴细胞混合型细胞瘤。
3、B型：上皮瘤，细胞核卵圆形，细胞质色淡，呈皮质样或树突状。根据上皮细胞与淋巴细胞的比例及肿瘤细胞的异形性进一步分为：B1型，皮质为主型胸腺瘤;B2型，皮质型胸腺瘤;B3型，高分化型胸腺瘤。
4、C型：来源于胸腺外组织的恶性肿瘤，如鳞状细胞瘤。
上述WHO分类方法能较好地反映肿瘤在胸腺内部所在的层次部位，同时提示肿瘤的性质(越向皮质越恶性)并提示预后，其中B型胸腺瘤容易伴发重症肌无力，尤其以B2型肿瘤浸润性强。预后差。无论是侵袭性还是非侵袭性胸腺瘤，约10%～45%合并重症肌无力症状和体征，为该病最常见的临床表现，部分患者也可因巨大的肿瘤瘤体而产生呼吸道压迫症状。