巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。
1.渐进性痛经
这是常见而突出的特征，多为继发性，从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。因此，子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。
2.性交痛
当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性交痛。而且常于月经前较为明显。亦可能出现泌尿系统症状，严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。
3.不孕
约30-70%子宫内膜异位症患者伴有不孕症，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起。患者常因盆腔器官粘连，使输卵管蠕动受阻或输卵管堵塞等机械因素导致不孕，亦可能为卵巢功能不全，自身免疫反映增强，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有关。
4.腹膜炎
卵巢子宫内膜囊肿，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
5.月经不调
内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。
6.周期性膀胱刺激症状
当内异症病变累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌层时，会同时出现经期尿急、尿频等症状。若病变侵犯膀胱粘膜(膀胱子宫内膜异位症)则有周期性血尿和疼痛。巧克力囊肿经期或行经前后的急腹症：一般为卵巢子宫内膜囊肿，有穿破的特点，多数患者因卵巢囊肿扭转或宫外孕而急诊手术。若不手术而好转时，盆腔粘连加重，今后还会反复破裂发生急腹症。
在很多子宫内膜异位是B超也不一定查得出来的。医生有时可能通过内诊接触到异物，但最准确的方法还是腹腔镜的检查。用腹腔镜检查时可以顺带做处理，加上术后的药物治疗常可以痊愈。由于一般的体检往往不能查出子宫内膜异位，所以更要提高警惕。