子宫内膜异位症的症状与体征随异位内膜的部位而不同，并与月经周期有密切关系。
一、症状
1、痛经
患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前，月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药物止痛。疼痛常随着月经周期而加重。由于雌激素水平不断高涨，使异位的子宫内膜增生、肿胀，如再受孕激素影响则出血，刺激局部组织，以致疼痛。如系内在性子宫内膜异位症，更可促使子宫肌肉挛缩，痛经势必更为显著。异位组织无出血的病例，其痛经可能由血管充血引起。月经过后，异位内膜逐渐萎缩而痛经消逝。临床上子宫内膜异位显著，但无痛经者，占25%左右。妇女的心理状况也能影响痛觉。
2、月经过多
内在性子宫内膜异位症，月经量往往增多，经期延长。可能由于内膜增多所致，但多伴有卵巢功能失调。
3、不孕
子宫内膜异位患者常伴有不孕。不孕与内膜异位症的因果关系尚有争论，盆腔内膜异位症常可引起输卵管周围粘连影响卵母细胞捡拾或导致管腔堵塞。或因卵巢病变影响排卵的正常进行而造成不孕。但亦有人认为长期不孕，月经无闭止时期，可造成子宫内膜异位的机会;而一旦怀孕，则异位内膜受到抑制而萎缩。
4、性交疼痛
发生于子宫直肠窝，阴道直肠隔的子宫内膜异位症，使周围组织肿胀而影响性生活，月经前期性感不快加重。
5、大便坠胀
一般发生在月经前期或月经后，患者感到粪便通过直肠时疼痛难忍，而其他时间并无此感觉，为子宫直肠窝及直肠附近子宫内膜异位症的典型症状。偶见异位内膜深达直肠粘膜，则有月经期直肠出血。子宫内膜异位病变围绕直肠形成狭窄者有里急后重及梗阻症状，故与癌瘤相似。多发生于月经期，可伴恶心呕吐和肛门坠胀感。
6、膀胱症状
多见于子宫内膜异位至膀胱者，有周期性尿频、尿痛症状;侵犯膀胱粘膜时，则可发生周期性血尿。腹壁疤痕及脐部的子宫内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。
二、体征
内在性子宫内膜异位症患者往往子宫胀大，但很少超过3个月妊娠，多为一致性胀大，也可能感到某部比较突出犹如子宫肌瘤。如为后位子宫，往往粘连固定，在子宫直肠窝、子宫骶韧带或宫颈后壁常可触及一二个或更多硬性小结节，如绿豆或黄豆大小，多有明显触痛，肛诊更为明显，这点很重要。偶然在阴道后穹窿可见到黑紫色大出血点或结节，如直肠有较多病变时，可触及一硬块，甚至误诊为直肠癌。
卵巢血肿常与周围粘连、固定，妇科双合诊时可触及张力较大之包块并有压痛，结合不孕史易误诊为附件炎块，破裂后发生内出血，表现为急性腹痛。