短肠综合征病人脂溶性维生素缺乏更为明显。脂溶性维生素经胆汁酸微囊化作用吸收，相应地影响了脂溶性维生素的吸收，亦可发生紫癜和出血，维生素E缺乏导致神经系统失衡。最突出的临床表现为营养不良、消瘦，严重者出现低蛋白血症和水肿，也可因维生素和矿物质缺乏而出现夜盲症、周围神经炎，凝血障碍性出血倾向、贫血及骨软化等。
一、临床分期短肠综合征的临床过程经历三个阶段
(1)急性期
一般表现术后1～3个月，因大量腹泻导致液体和电解质丢失，平衡紊乱。严重者危及病人生命，2～3周达高峰，每天从大便中丢失液体2.5升甚至5升。除腹泻外尚有乏力、少尿及脱水、电解质缺乏、酸碱平衡紊乱、低钙低镁抽搐等表现。
(2)适应期
为一初步经口摄取并逐步增加摄入量的适应阶段，常延续数月至1年。该期腹泻明显减轻，水及电解质失衡有所缓解。
(3)稳定期
一般经过术后1年左右时间才呈现稳定状态。由于残留的肠管已能最大限度地代偿，病情逐渐稳定，可维持相对正常的家庭生活，但仍可能有脂溶性维生素、钙和其他微量元素缺乏的表现。回肠切除过多，患者可出现维生素B12的缺乏症。部分病人不可能达到完全经口营养的阶段，需借助于家庭胃肠外营养。
二、临床特点
(1)腹泻
广泛小肠切除术后均可见腹泻。腹泻的原因是多因素的，包括：食物内容物通过时间缩短(由于肠切除术后肠管变短及术后肠动力紊乱);继发于乳糖和其他碳水化合物吸收功能障碍的肠内容物渗透压改变，细菌的过度生长，降低肠细胞刷状缘膜二糖基活性，增加了水和电解质的分泌。对短肠综合征病人不同腹泻情况的分类，可以分析出造成此临床症状的不同原因，从而采用相应的食物、药物治疗方案。
(2)胃液高分泌状态及消化性溃疡
在人和动物广泛小肠切除术后胃高分泌状态是一重要特征。此不仅造成严重的消化性溃疡病，而且对短肠综合征吸收功能造成进一步损害，造成黏膜弥漫性受损，低pH导致胰酶的抑制，减少了脂肪微囊的形成，降低肠腔内脂质消化;高分泌状态的另一作用是大量的胃液加重术后腹泻，胃液高分泌状态在广泛小肠切除术后24h即可出现，随着时间推移，均会造成不同程度损害，对此应用药物治疗可以控制，很少需要外科处理。人和狗小肠切除术后血清中胃泌素升高，提示胃高分泌状态是继发于此激素的刺激作用或其对胃黏膜的营养作用;另有报道认为小肠切除可能影响胃泌素的分解代谢或影响抑制胃泌素作用的激素的分泌;然而另一些肠切除术后高分泌状态时血清胃泌物水平并未发现升高，甚至某些病人在肠切除术后表现为低胃酸状态，因此，小肠切除术后导致胃高分泌状态的真正原因尚不清楚。