胎龄12周时，羊水中已有胆红素。这是由胎儿气管和支气管树分泌到羊水中的未结合胆红素。胎儿红细胞破坏后产生的未结合胆红素，极大部分通过胎盘到母体循环去清除，故新生儿刚出生时都无黄疸。
出生后新生儿必须自己处理血红蛋白的代谢产物一未结合胆红素。但葡萄糖醛酰转移酶在足月儿要3～5天、未成熟儿要5～7天才成熟，加诸概述中已提及的各种新生儿胆红素代谢特点，就发生新生儿生理性黄疸。
1.胆红素生成过多
(1)红细胞破坏多 胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞代偿性增多，但寿命短，出生后血氧含量增高，过多的红细胞被迅速破坏。
(2)旁路胆红素来源多。
(3)血红素加氧酶含量高 在生后7天内含量高，产生胆红素的潜力大。
2.肝功能不成熟
(1)肝摄取胆红素能力差 肝细胞内Y、Z蛋白含量不足，使肝对胆红素摄取不足。
(2)肝结合胆红素功能差 肝内葡萄糖醛酸转移酶含量低且活力不足，形成结合胆红素的功能差。
(3)肝排泄胆红素功能差 排泄结合胆红素的功能差，易致胆汁淤积。
3.肠-肝循环特点
新生儿刚出生时肠道内正常菌群尚未建立，不能将进入肠道的胆红素转化为尿胆原(粪胆原)，且新生儿肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，将肠道内的结合胆红素水解成葡萄糖醛酸和未结合胆红素，后者又被肠壁吸收经门静脉达肝脏。