1.中毒性肠麻痹
当原发病为腹泻或败血症时，易将坏死性小肠结肠炎误诊为中毒性肠麻痹，但后者无便血，X线片上无肠壁间积气等。
2.机械性肠梗阻
X线腹平片上液平面的跨度较大，肠壁较薄，无肠壁间隙增宽模糊，无肠壁积气，再结合临床不难区别。
3.肠扭转
此时机械性肠梗阻症状重，呕吐频繁，腹部X线平片示十二指肠梗阻影像，腹部阴影密度均匀增深，并存在不规则多形气体影，无明显充气扩张的肠曲。
4.先天性巨结肠
有腹胀，X线片上有小肠、结肠充气影，需与早期坏死性小肠结肠炎鉴别。前者有便秘史，无血便，X线片动态观察无肠壁积气征。
5.新生儿出血症
生后2～5天出现，可以胃肠道出血为主，需鉴别。本病有生后未给予维生素K注射史，无腹胀，X线片也无肠道充气和肠壁积气，维生素K治疗有效。
6.自发性胃穿孔
多由于先天性胃壁肌层缺损引起，常见于胃大弯近贲门处。病儿生后3～5天突然进行性腹胀，伴呕吐、呼吸困难和发绀，X线平片腹部仅见气腹，无肠壁积气或肠管胀气。