导致女性出现习惯性流产有很多原因，如遗传因素。染色体检查是习惯性流产的女性必需检查的项目之一。“主要是看夫妻双方有没有染色体疾病，即染色体数目异常或结构异常，如染色体部分缺失等等。如果夫妻中有一方有这方面的疾病，那么就可能会出现反复流产。”
除染色体异常的原因外，夫妻双方如果携带有异常基因，也有可能导致胚胎异常而出现流产。目前对由于遗传因素而导致的习惯性流产尚没有办法干预，只能通过产前诊断或种植前诊断进行产前筛查，一旦发现异常，终止妊娠。
环境因素也是导致女性习惯性流产的一个原因。“现代社会中，化学污染、放射污染、某些药物等都会导致胚胎停止生长，尤其是在女性怀孕的前3个月，影响非常大。”有的家庭装修时采用了不合格的材料，就很可能就会对胎儿产生危害。文献报道，发芽土豆中的龙葵素和长时间的电脑辐射也会影响胎儿的发育，对胎儿也不好。“有的女性喜欢喝咖啡、喝酒，咖啡和酒精对胎儿的发育有一定的副作用。而有的女性可能因为工作需要接触农药，在这样的环境中也可能发生反复流产。”