蜂蜜最常用于治疗胃肠道疾病，中医认为蜂蜜能润滑胃肠，被认为是便秘特别是热病后津伤便秘、老年和孕妇习惯性便秘的良药。蜂蜜对胃和十二指肠溃疡的疗效十分显著，原苏联的莫斯科、新西伯利亚、库尔斯克、基辅、伊尔库斯克等城市地医院，大量地试用蜂蜜治疗胃和十二指肠溃疡，均获得很好的治疗。实验证明，蜂蜜对胃和十二指肠溃疡的有效率高达82,,。治疗患者时用x光检查，有半数病人溃疡结瘢。它可患者的胃液酸度正常化，神经系统兴奋降低，胃疼和烧灼感消失，红血球和白血球升高，体重增加。
蜂蜜对胃液的酸度有双向调节作用，它主要是对胃酸分泌的影响进行调节，服用蜂蜜的时间和蜂蜜溶液的温度对胃酸分泌影响起决定性作用，实验证明在饭前一个小时食用蜂蜜，它能抑制胃酸的分泌。在食用蜂蜜后马上进食，它又会刺激胃酸的分泌。蜂蜜溶液温热时能促进胃液稀释，胃液酸度降低，冷的蜜水可提高胃液酸度。并能刺激胃肠道运动和分泌功能。
用蜂蜜治疗胃及十二指肠溃疡的服用方法：每日3次，每次30～40g，早上和中午在饭前1.5～2小时，晚上在饭后3小时服用，每疗程为2个月。
此外，蜂蜜还被用于治疗结肠炎、痔疮等疾病，都获得良好的疗效。我国中医偏方用姜蜜合剂治疗小儿蛔虫性梗阻有明显的效果。