化脓性腮腺炎与流腮均表现为发热及腮腺肿大，故临床上要注意两病的鉴别，其鉴别要点简要介绍于下。
(1)病原
化脓性腮腺炎为细菌感染引起的腮腺化脓性炎症。常见病原菌有链球菌、金黄色葡萄球菌、细球菌等;偶可见厌氧菌。而流腮为流腮病毒感染引起。
(2)发病季节及年龄
化脓性腮腺炎一年四季均可发生，无规律性，可发生于任何年龄。流腮以冬春季为发病高峰季节，儿童发病率高。
(3)腮腺局部情况
化脓性腮腺炎多为单侧。少数为双侧。其腮腺肿大速度不似流腮那么快、而且与感染轻重程度呈平行，腮腺早期质较硬，局部疼痛及触痛较明显，局部皮肤发红、发热，晚期肿大腮腺可有波动感。流腮腮腺质韧，可有轻压痛，局部皮肤不红。
(4)两病腮腺管口均可有红肿
而以化脓性腮腺炎为明显。压迫腮腺时。化脓性腮腺炎可见腮腺管口有脓液溢出。
(5)周围血象
化脓性腮腺炎可见白细胞总数增高，分类个性核白细胞比例明显增高。
(6)细菌培养
化脓性腮腺炎时腮腺管口引流培养，可培养出致病菌。
(7)治疗效果
化脓性腮腺炎时，抗生素治疗有效，而抗生素对流腮无效。