1、早期诊断依靠详细询问病史包括密切接触史及BCG接种史，周密的临床观察及对本病的高度警惕性。凡有结核病接触史，结素反应阳性或已有结核病的小儿，当出现下列症状时，如性情改变、轻微发热、头痛、抽搐、无原因呕吐、顽固性便秘或嗜睡及烦躁相交替时，应考虑到本病的可能性。
2、临床表现皮肤粟粒疹的发现对诊断有决定性意义。眼底检查对诊断亦有帮助。眼脉络膜上发现结核结节与肺X线片中见到粟粒型肺结核有同等的价值。
3、胸部X线摄影对诊断有帮助根据1180例结脑患儿X线检查，显示有活动性肺结核者达86.9%，其中属于粟粒型肺结核者454例，占活动性肺结核的44.2%。但需注意亦有8.6%患儿肺部正常，这些都年长儿童。
4、对可疑为本病的小儿应早做结素试验阳性反应对诊断有助，但结脑患儿对结素反应有时较弱，因此OT0.1mg或D5IU不引起反应时，应以OT1～2mg或D250IU的剂量复试。
5、脑CT检查北京儿童医院自1986～1992年对50例结脑患儿做脑CT检查发现。结脑CT所见异常与我院过去152例病理检查结果极为相似，说明脑CT检查对结脑诊断有意义。
6、脑电图检查急性期患儿绝大多数脑电图异常，表现为弥漫性δ(3周/秒以下)及θ(4～7周/秒)慢活动，不对称。可见不对称偶发尖式棘、尖-慢、棘-慢等现理波。于合并结核瘤或局部脑梗塞时可见占位性或局灶性改变;表现为局部δ波。但脑电图的改变无特异性，仅可作为临床的辅助诊断，而对病原的鉴别诊断方面意义不大。而对随访治疗效果、判断预后及后遗症有帮助。
7、最可靠的诊断根据是从脑脊液查见结核杆菌应尽量争取在未进行治疗以前认真检查。将脑脊液静置后形成的蛋白膜固定于玻璃上作耐酸染色，可查到结核杆菌。曾统计50例脑脊液留膜检查结核杆菌阳性率高达54%。除用直接涂片检查外，还可用脑脊液沉淀作病理切片检查、进行脑脊液培养或豚鼠接种。
8、尚有一些早期诊断方法可供参考
(1)脑脊液的淋巴细胞转化试验
有人用3H胸腺嘧啶掺入法测定脑脊淮淋巴细胞转化，见到在结脑时在D刺激下脑脊液淋巴细胞转化率明显升高，具有早期诊断意义。
(2)脑脊液乳酸盐测定
对鉴别结脑及病毒性脑炎有意义。因此脑脊液乳酸盐测定对鉴别脑与病毒脑炎很有意义，对鉴别结脑与化脑也有一定价值。
(3)脑脊液腺苷脱氨酸的活性测定
结脑病人的脑脊液大多数腺苷脱氨酶活性高于正常(正常人<;9U/L)，试验的敏感性甚高，简单易行，可做为早期诊断的协助。
(4)脑脊液免疫球蛋白的测定
结脑时脑脊液IgG明显升高，高于病毒性脑炎和化脓性脑膜炎;IgA及IgM稍高，较病毒脑炎高但较化脓性脑膜炎低。
有明显的脑膜刺激征出现以前应与一般非神经疾患相鉴别，包括上呼吸道感染、肺炎、消化不良、蛔虫病、伤寒、手足搐搦症等，此时做腰椎穿刺激症状及体征后，甚至在脑脊液检查后仍需与一系列中枢神经系统疾患想鉴别。