肺脓肿大多急性、亚急性起病，开始畏寒、高热、咳嗽、咳黏液痰或黏液脓痰。如炎症波及胸膜，有胸痛。病变范围广的，中毒症状重，呈全身衰弱，有气短、心跳快、出汗、食欲减退。1～2周后脓肿破入支气管，突然咳出大量脓痰，一天可多达数百毫升，因有厌氧菌感染，痰有臭味，静置后分为3层，由上而下为泡沫、黏液及脓渣。脓排出后，全身症状好转，体温下降，如能及时应用有效抗生素，则病变可在数周内渐好转，体温趋于正常，痰量减少，一般情况恢复正常。
如治疗不及时不彻底，用药不合适、不充分，身体抵抗力低，病变可渐转为慢性。有的破向胸腔形成脓气胸或支气管胸膜瘘。此时症状时轻时重，主要是咳嗽、咳脓痰，不少有咯血，从痰带血至大咯血，间断发热及胸痛等。因长期慢性中毒及消耗，不少患者出现消瘦、贫血。个别有脑、肝、肾转移脓肿。慢性脓肿常有不规则治疗史，病变稳定时情况稍好转。
体征：早期病变范围小的无特殊体征。可发现肺实变体征(如呼吸音减弱、叩诊浊音、支气管呼吸音、吸气捻发音)以及胸膜摩擦音、胸腔积液、肺水肿、脓气胸体征(叩诊浊音、纵隔对侧移位、积液处呼吸音减弱)，瓮状呼吸音罕见。病程较长的多有杵状指，胸廓也有塌陷畸形，活动差。有脓气胸、支气管胸膜瘘者检查可见有相应的体征。
急性吸入性肺脓肿起病急骤，患者畏寒、发热，体温可高达39～40℃。伴咳嗽、咳粘液痰或粘液脓痰。炎症波及局部胸膜可引起胸痛。病变范围较大，可出现气急。此外，还有精神不振、乏力、胃纳差。约10~14天后，咳嗽加剧，脓肿破溃于支气管，咳出大量脓臭痰，每日可达300～500ml，体温旋即下降。由于病原菌多为厌氧菌，故痰带腥臭味。有时痰中带血或中等量咯血。
慢性肺脓肿患者有慢性咳嗽、咳脓痰、反复咯血、继发感染和不规则发热等，常呈贫血、消瘦慢性消耗病态。
血源性肺脓肿多先有原发病灶引起的畏寒、高热等全身脓毒血症的症状。经数日至两周才出现肺部症状，如咳嗽、咳痰等。通常痰量不多，极少咯血。
体征：与肺脓肿的大小和部位有关。病变较小或位于肺脏的深部，可无异常体征。病变较大，脓肿周围有大量炎症，叩诊呈浊音或实音，听诊呼吸音减低，有时可闻湿罗音。血源性肺脓肿体征大多阴性。慢性肺脓肿患者患侧胸廓略塌陷，叩诊浊音，呼吸音减低。可有杵状指(趾)。