小儿胃食管反流的临床表现轻重不一，主要与反流的强度、持续时间、有无并发症以及小儿的年龄有关。小儿胃食管反流通常有以下4 种表现：
1.反流本身引起的症状
主要表现为呕吐，奶后呕吐为典型表现，约85%患儿生后第1 周即出现呕吐，65%的小儿虽未经临床治疗可在半年至1 年内自行缓解，实际上这部分患儿属生理性反流范畴，临床不需特殊治疗。仅少数患儿表现为反复呕吐，并逐渐加重，由此可导致营养不良和生长发育迟缓。年长患儿可有反酸、打嗝等表现。
2.反流物刺激食管所引起的症状
由于胃内容或十二指肠内容含有大量的攻击因子，引起食管黏膜的损害，年长小儿可表现为烧心、胸骨后痛、吞咽性胸痛等症状，食管病变重者可表现为反流性食管炎而出现呕血或吐咖啡样物，此类患儿多见贫血。反流性食管炎症状持续存在者可进一步导致食管狭窄、Barrett食管等并发症。
3.食管以外的刺激症状
近年来，注意最多的是胃食管反流与反复呼吸道感染之间的因果关系，约l/3 的患儿因吸入反流物而反复出现呛咳、哮喘、支气管炎和吸入性肺炎等呼吸道感染症状，反流引起的哮喘无季节性，常有夜间发作。反复发生的吸入性肺炎可导致肺间质纤维化。在新生儿，反流可引起突然窒息甚至死亡。少数病例可表现为Sandifer 综合征，发作时呈特殊的“公鸡头样”姿势，同时伴反酸、杵状指、低蛋白和贫血等。个别病例甚至可因口腔溃疡及牙病在口腔科就诊，而反流症状却不明显或被忽略，食管镜检查可能缺乏食管炎的表现，经抗反流治疗后，口腔溃疡可减轻或愈合。