现已公认，子宫内膜异位症与不孕密切相关。本病患者不孕率40%。
一、涉及异位症对输卵管有影响
异位病灶可影响输卵管功能，表现输卵管欠畅或梗阻。这种输卵管异常可显著降低异位症患者的妊娠率。但是，异位症病变程度与输卵管通畅程度无显著相关，因部分中、重度病变时输卵管周围粘连，蠕动受限，受孕能力明显降低，但对输卵管内腔影响小，所以部分患者输卵管虽通畅仍不孕的原因之一。
二、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良而降低受孕率。
三、异位症患者盆腔微环境改变如局部存在PG(前列腺素)蓄积，输卵管局部PG含量过高或比例失调可致输卵管蠕动异常，从而影响拾卵、受精和受精卵的输送而致不孕。
四、免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能而影响受精卵着床。