新生儿呕吐的原因可以是器质性(需要手术)，也可以是功能性的(如幽门痉挛)。
一、 幽门肥大性狭窄
幽门是胃的出口，是通往肠道的一个"关卡"。由于幽门肌肉畸形增厚、肥大、水肿，通往肠子的"关卡"只能打开得很小，使胃内的食物不能顺利进入肠道。胃壁肌肉强烈收缩，既然奶块进入肠子的阻力很大，于是就从嘴里返流出来。这样，病儿处于"饥饿"状态，势必日益消瘦。这种疾病要到外科诊治，明确诊断后通过一次简单的手术，解除幽门狭窄。婴儿吃下去的奶就能顺利进入肠道，身体得到了足够的营养，也就很快恢复健康。
要注意与幽门肥大性狭窄鉴别的另一种病叫幽门痉挛，虽有呕吐但不严重，不必手术，吃一点解痉药会慢慢自愈。
患先天性幽门肥大性狭窄的新生儿，出生后一切正常，偶然在吃奶之后吐几口奶。但是到了十天左右，呕吐次数逐日增多，吐出的奶量也越来越多。吐的动作十分剧烈，喷得很远，呕吐的声响也较大。有时吐出的奶糊沾得孩子满头满面，塞住口鼻透不过气来。呕吐物是奶液或奶凝块，不含有黄色的液体，可带有酸味，吐出的量比吃入的一顿奶要多。吐过之后孩子又哭吵着要吃，但吃奶后不多一会又恶心、呕吐。小儿越来越瘦，成了一个皮包骨头、满额皱纹的"小老头"。
二、肠梗阻(肠子不通)
新生儿时期的肠狭窄与肠闭锁引起肠子不通是严重的疾病。治疗效果的好坏在很大程度上决定于早期发现，早期诊断和早期治疗，而早期发现的关键在认识这种病的表现。
患以上疾病的新生儿，肠道在胎儿发育过程中由于某些因素而停顿，引起肠腔不通畅。狭窄多发生在十二指肠，而闭锁多发生症状。婴儿在出生后或出生后一天就开始出现呕吐，而且是越吐越剧烈。可以吐出唾液、奶块、黄绿色的胆汁、肠液，甚至是大便样的东西。小儿的全身情况恶化，没有胎粪排出，或仅有很少胎粪，或有青灰色的粘液样物排出。如肠子的畸形位置高，腹部可以不胀，反之可出现腹胀。
诊断明确后必须及时手术把肠子接通，小儿就有康复的机会。
三、肠旋转不良
肠旋转不良也是引起呕吐的一种常见病。患有肠旋转不良的小儿和正常新生儿一样，在24小时内就排出墨绿色的胎粪，吃奶也很好。但是到了出生后第3-5天，却开始出现呕吐，次数多少不一，时轻时重。有些小儿呕吐可自行缓解一段时间。虽然呕吐时断时续很不规则，但有一个共同的特点，即吐出物内都含有胆汁。这是因为先天性的各种原因，压迫了十二指肠服管开口以下的部位，使胆汁返流至胃部，故有黄绿色的呕吐物。症状的轻重和压迫程度成正比。病情轻的，呕吐可能是唯一的症状，病情重的，因呕吐严重可引起消瘦，大便干结。如果出现便秘说明疾病已发展到了较为严重的阶段。
有些小儿吐得不严重，偶然吐几次，可不必处理。呕吐严重的必须去医院诊治。通过X线钡剂灌肠或钡餐检查，证实是肠旋转不良的，手术是唯一有效的治疗方法。虽然手术有一定的并发症，但效果很好，手术后小儿很快就恢复健康。