一、先天性食管闭锁
本病多发生于早产儿。患儿吃多少吐多少，并流口水。喂乳后有呛咳，颜面呈青紫色，可很快出现气喘、呼吸困难、口唇发紫等类似肺炎的症状。
二、先天性肠闭锁
即小儿在胎内肠管就闭锁不通。怀有这种病孩的孕妇一般腹型过大，有羊水过多现象。肠闭锁包括十二指肠闭锁、小肠闭锁和结肠闭锁。患儿出生后第一天可正常吃奶，1-2天后反复发生呕吐者，多为十二指肠闭锁，生后2-3天出现反复呕吐的多是小肠闭锁，肠闭锁患儿的呕吐物中有胆汁，有时还有胎便;患儿上腹部膨隆，下腹软瘪，在腹部可见到胃肠的形状及蠕动波;患儿不排便，而排少许灰白色粘液或是饭粒样便。本病也必须手术治疗。
三、先天性肛门直肠闭锁
这是由于胚胎发育不良或异常所致的先天性疾病，患儿肛门完全闭锁，有的合并直肠前庭瘘、直肠会阴瘘或直肠阴道瘘，男孩还有直肠膀胱瘘等畸形。如果新生儿进奶3-4天后不排便，出现腹胀和呕吐，开始吐物为奶汁、胆汁，后为粪便。应检查一下肛门，如为直肠闭锁，需手述治疗。
四、幽门痉挛
其呕吐特点是呕吐时间不规则，呈间歇性，每次呕吐量不多。随着小儿的发育，呕吐可逐渐减轻，孩子发育不受影响。呕吐严重时可口服0.1阿托品溶液。
五、先天性肥厚性幽门狭窄
主要由小儿幽门周围的肌肉肥厚造成的。其特点是生后头两周吃奶不止，而在生后2-3周时，吃奶不久便呈喷射性呕吐，呕吐物可喷出数十厘米，呕吐物中可有隔夜的奶，但无胆汁。呕吐症状可随月龄增长而加重，同时患儿体重逐渐下降。此病也需手术治疗。
六、先天性巨结肠
病因主要是直肠肌肉间的神经节细胞缺损或发育不良，造成了直肠上部的结肠扩大。患儿先是腹胀，以后发生呕吐，初期吐的是奶汁、胆汁，之后吐粪便。腹胀如鼓，通常不能排便，需灌肠后方可排出。粪便积存时患儿便呕吐，吐出后呕吐即消失。此病需经直肠测压或钡灌肠X光照相才能确定诊断，然后根据具体病情决定采取用保守疗法还是手术治疗。
能引起新生儿呕吐的疾病还有先天性肠旋转不良，环状胰腺及新生儿颅内出血等，但较少见。总之，新生儿呕吐，尤其是反复频繁呕吐切不可等闲视之。