通常根据临床诊断，医生可以推断病原菌的种类，或结合必要的辅助检查(包括病原学检查)，选用有效的抗生素;如对病原菌诊断不明，可选用广谱抗生素。家长为病儿自选抗生素，缺乏针对性，可能造成疗效不佳或无效，并有可能诱发耐药菌的产生，造成后期治疗的困难或耐药菌的传播。
抗生素无高级与低级之分，只有病原菌对药物敏感与不敏感之分，以价格判断药物好坏、高级低级是没有道理的。
不能盲目同时服用两种以上抗生素
两种或两种以上抗生素同时使用称为联合用药。同时服用两种以上的抗生素，有可能造成用药无效的后果。通常，有严重感染或混合感染，病原菌不明或单一抗生素不能控制，又或者较长期应用抗生素细菌产生耐药性可能者，以及联合用药可使毒性较大的药物剂量得以减少时，才可在医生的指导下联合用药。一般需用抗生素治疗的感染性疾病仅用一种抗生素即可，多用药多保险的想法是错误的。
药物剂量由医生来确定
针对病原菌选药后，需从患儿病情、药物在体内代谢特点、给药顺从性等方面考虑，来决定给药剂量及方式。为确保抗生素很好地发挥作用而不对机体产生危害，掌握恰当的抗生素剂量是必须的，在儿童，药物剂量通常是由医生根据诊断、病情、体重或体表面积计算得出，另外，亦应考虑小儿机体代谢状态，对患有肝、肾疾病的小儿，除应避免应用具有相应毒副作用的药物外，还应仔细考虑用药剂量。认为儿童用药即为简单的成人剂量减半的概念是错误的。
抗生素治疗疗程因疾病种类、病情严重程度、对现有治疗的反应等而异，具体应咨询医生，认为症状消失即为病愈的概念是错误的。
一般不需预防用药
预防性应用抗生素的目的在于预防1~2种特殊细菌侵入伤口或血液循环而发生感染，部分外科手术预防用药。由此可见，通常情况下不应预防性应用抗生素。
警惕不良反应
应用抗生素应注意药物引起的过敏反应、毒性反应及二重感染。过敏反应形式多样，轻者可出现皮疹、药物热、血管神经性水肿，严重者哮喘，甚至出现过敏性休克。毒性反应可见由氯霉素引起的再生障碍性贫血，庆大霉素等引起的耳聋等。由于抗生素应用后杀灭或抑制了敏感细菌，未被抑制的菌种可大量繁殖，发生菌群紊乱，因而在用药过程中有可能出现霉菌、耐药菌等引起的二重感染，此种感染可为较轻的局部，如口腔、胃肠道的感染，亦有可能发展为败血症，甚至危及生命。