肝囊肿有先天的，也有后天的。先天性肝囊肿是由于胚胎时期肝内胆管或淋巴管发育异常造成的;后天性肝囊肿可能是肝脏管道发生退行性改变的结果。
由于形成的原因不同，可以分成先天性肝囊肿，创伤性肝囊肿，炎症性肝囊肿，肿瘤性肝囊肿，寄生虫性肝囊肿。平常我们见得最多的90%以上的囊肿就是先天性肝囊肿(也叫真性囊肿)。
先天性肝囊肿：由于肝内胆管和淋巴管胚胎时发育障碍，或胎儿期患胆管炎，肝内小胆管闭塞，近端呈囊性扩大及肝内胆管变性，局部增生阻塞而成，多为多发。
创伤性肝囊肿是肝脏外伤后的血肿或组织坏死液化形成的一个囊腔，因为它不是一个真正的囊肿，所以也把它叫做假性囊肿。
炎症性肝囊肿是由胆管发炎或结石梗阻引起的胆管囊状扩张，内容物是胆汁，也叫胆汁潴留性囊肿。
肿瘤性囊肿包括畸胎瘤、囊状淋巴管瘤、囊腺瘤等。
寄生虫性囊肿主要是肝包虫性囊肿，病人在牧区接触犬、羊或直接食入棘球蚴绦虫卵后，虫卵在肠道孵化成幼虫进入血液停留肝脏生长发育成包虫成虫，并在肝脏内形成包虫生活的一个“窝”，这个“窝”就叫肝脏包虫囊肿。